Bindings for protocols::sic_dock namespace

Modules
		rosetta.protocols.sic_dock.scores

Classes
		builtins.object AtomIDHashFunction RigidScore BuriedPolarScore CBScore ConstraintSetScore EdgeStandScore HelixScore JointScore LinkerScore Rose SICFast Vec3 XfoxmScore rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t(builtins.object) xyzStripeHashPoseWithMeta   class AtomIDHashFunction(builtins.object)       Methods defined here: __call__(...) from builtins.PyCapsule __call__(self : rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction, aid : rosetta.core.id.AtomID) -> int __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction,  : rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction,  : rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction) -> rosetta.protocols.sic_dock.AtomIDHashFunction   class BuriedPolarScore(RigidScore)       Method resolution order: BuriedPolarScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(rosetta.protocols.sic_dock.BuriedPolarScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.BuriedPolarScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.BuriedPolarScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.BuriedPolarScore Methods inherited from RigidScore: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> str   class CBScore(RigidScore)       Method resolution order: CBScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose, clash_dis : float, contact_dis : float) -> NoneType   2. __init__(self : handle, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose, clash_dis : float, contact_dis : float, weights1 : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t, weights2 : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.CBScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.CBScore) -> str Data descriptors defined here: clash_dis_ contact_dis_ hash_pose1_ points_ weights_ Methods inherited from RigidScore: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore   class ConstraintSetScore(RigidScore)       Method resolution order: ConstraintSetScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : handle, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose, cstset : rosetta.core.scoring.constraints.ConstraintSet) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.ConstraintSetScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.ConstraintSetScore) -> str Methods inherited from RigidScore: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore   class EdgeStandScore(RigidScore)       Method resolution order: EdgeStandScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(rosetta.protocols.sic_dock.EdgeStandScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.EdgeStandScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.EdgeStandScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.EdgeStandScore Methods inherited from RigidScore: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> str   class HelixScore(RigidScore)       Method resolution order: HelixScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(rosetta.protocols.sic_dock.HelixScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.HelixScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.HelixScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.HelixScore Methods inherited from RigidScore: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> str   class JointScore(RigidScore)     /// composite scores     Method resolution order: JointScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(self : handle, scores : rosetta.utility.vector1_std_shared_ptr_const_protocols_sic_dock_RigidScore_t, weights : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. add_score(...) from builtins.PyCapsule add_score(self : rosetta.protocols.sic_dock.JointScore, score : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, weight : float) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.JointScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.JointScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.JointScore score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.JointScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.JointScore) -> str   class LinkerScore(RigidScore)       Method resolution order: LinkerScore RigidScore builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose, max_loop_len : int, lookup_radius : int, outtag : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.sic_dock.LinkerScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. dump_linkers(...) from builtins.PyCapsule dump_linkers(self : rosetta.protocols.sic_dock.LinkerScore, x1 : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, x2 : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, out_perfix : str) -> bool score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.LinkerScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.LinkerScore) -> str Methods inherited from RigidScore: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore   class RigidScore(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore,  : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, x1 : rosetta.numeric.Xforms, x2 : rosetta.numeric.Xforms) -> float type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore) -> str   class Rose(builtins.object)       Methods defined here: __add__(...) from builtins.PyCapsule __add__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, b : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> rosetta.protocols.sic_dock.Rose __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, p : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, p : rosetta.core.pose.Pose, coord_picker : rosetta.core.pose.PoseCoordPickMode) -> NoneType   3. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, p : rosetta.core.pose.Pose, clash_atoms : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> NoneType   4. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, r : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, x_in : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> NoneType   5. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose,  : rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. __sub__(...) from builtins.PyCapsule __sub__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, b : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> rosetta.protocols.sic_dock.Rose align_c(...) from builtins.PyCapsule align_c(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, a : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> NoneType align_n(...) from builtins.PyCapsule align_n(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, a : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose,  : rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> rosetta.protocols.sic_dock.Rose c_anchor(...) from builtins.PyCapsule c_anchor(rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t clashes(...) from builtins.PyCapsule clashes(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. clashes(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, point : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> bool   2. clashes(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, other : rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> bool clashes_naive(...) from builtins.PyCapsule clashes_naive(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, other : rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> bool   ///////////// debug ////////////////// contacts(...) from builtins.PyCapsule contacts(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, other : rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> int contacts_naive(...) from builtins.PyCapsule contacts_naive(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, other : rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> int dump_pdb(...) from builtins.PyCapsule dump_pdb(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, fname : str) -> NoneType n_anchor(...) from builtins.PyCapsule n_anchor(rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t pose(...) from builtins.PyCapsule pose(rosetta.protocols.sic_dock.Rose) -> rosetta.core.pose.Pose res_anchor(...) from builtins.PyCapsule res_anchor(self : rosetta.protocols.sic_dock.Rose, ir : int) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t Data descriptors defined here: h p x   class SICFast(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.sic_dock.SICFast) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, clash_dis : float) -> NoneType   3. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast,  : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast,  : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast) -> rosetta.protocols.sic_dock.SICFast init(...) from builtins.PyCapsule init(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. init(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, pose1 : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. init(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   3. init(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, clash_atoms1 : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> NoneType   4. init(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose, clash_atoms1 : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t, clash_atoms2 : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> NoneType slide_into_contact(...) from builtins.PyCapsule slide_into_contact(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. slide_into_contact(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, xmob : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, xfix : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, ori : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> float   2. slide_into_contact(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, xmob : rosetta.numeric.Xforms, xfix : rosetta.numeric.Xforms, ori : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> float slide_into_contact_DEPRICATED(...) from builtins.PyCapsule slide_into_contact_DEPRICATED(self : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, xmob : rosetta.core.kinematics.Stub, xfix : rosetta.core.kinematics.Stub, ori : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> float   class Vec3(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.sic_dock.Vec3) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.Vec3,  : rosetta.protocols.sic_dock.Vec3) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. Data descriptors defined here: a b c   class XfoxmScore(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, datadir : str) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. fillarray(...) from builtins.PyCapsule fillarray(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, a : str, fname : str) -> NoneType makebinary(...) from builtins.PyCapsule makebinary(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, a : str, fname : str) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. score(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, s1 : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, s2 : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, ss1 : str, ss2 : str) -> float   2. score(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, pose : rosetta.core.pose.Pose, rsd1 : int, rsd2 : int) -> float   3. score(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> float   4. score(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, pose : rosetta.core.pose.Pose, compute_ss : bool) -> float   5. score(self : rosetta.protocols.sic_dock.XfoxmScore, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> float   class xyzStripeHashPoseWithMeta(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t)       Method resolution order: xyzStripeHashPoseWithMeta rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, radius : float) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, float, rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   doc   3. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, radius : float, p : rosetta.core.pose.Pose, m : rosetta.core.pose.PoseCoordPickMode) -> NoneType   4. __init__(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, radius : float, p : rosetta.core.pose.Pose, amap : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. init_with_pose(...) from builtins.PyCapsule init_with_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. init_with_pose(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, p : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. init_with_pose(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, p : rosetta.core.pose.Pose, m : rosetta.core.pose.PoseCoordPickMode) -> NoneType   3. init_with_pose(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, p : rosetta.core.pose.Pose, amap : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> NoneType   4. init_with_pose(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, p : rosetta.core.pose.Pose, meta_in : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType   5. init_with_pose(self : rosetta.protocols.sic_dock.xyzStripeHashPoseWithMeta, p : rosetta.core.pose.Pose, meta_in : rosetta.utility.vector1_double, m : rosetta.core.pose.PoseCoordPickMode) -> NoneType Methods inherited from rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t: grid_atoms(...) from builtins.PyCapsule grid_atoms(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> numeric::geometry::hashing::xyzStripeHashWithMeta<float>::float4 grid_size(...) from builtins.PyCapsule grid_size(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> float grid_stripe(...) from builtins.PyCapsule grid_stripe(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> numeric::geometry::hashing::xyzStripeHashWithMeta<float>::ushort2 init(...) from builtins.PyCapsule init(self : rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t, atoms : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_float_t, meta : rosetta.utility.vector1_float) -> NoneType natom(...) from builtins.PyCapsule natom(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> int nbcount(...) from builtins.PyCapsule nbcount(self : rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t, v_in : rosetta.numeric.xyzVector_float_t) -> int sanity_check(...) from builtins.PyCapsule sanity_check(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> bool translation(...) from builtins.PyCapsule translation(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> rosetta.numeric.xyzVector_float_t xdim(...) from builtins.PyCapsule xdim(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> int ydim(...) from builtins.PyCapsule ydim(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> int zdim(...) from builtins.PyCapsule zdim(rosetta.numeric.geometry.hashing.xyzStripeHashWithMeta_float_t) -> int

Functions
		KMGT(...) method of builtins.PyCapsule instance KMGT(x : float, w : int, d : int) -> str alignaxis(...) method of builtins.PyCapsule instance alignaxis(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. alignaxis(pose : rosetta.core.pose.Pose, newaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, oldaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   2. alignaxis(pose : rosetta.core.pose.Pose, newaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, oldaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType alignaxis_xform(...) method of builtins.PyCapsule instance alignaxis_xform(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. alignaxis_xform(newaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, oldaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t   2. alignaxis_xform(newaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, oldaxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t auto_trim_floppy_termini(...) method of builtins.PyCapsule instance auto_trim_floppy_termini(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. auto_trim_floppy_termini(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. auto_trim_floppy_termini(pose : rosetta.core.pose.Pose, ttrim_cut : float) -> NoneType   3. auto_trim_floppy_termini(pose : rosetta.core.pose.Pose, ttrim_cut : float, nfold : int) -> NoneType cb_weight(...) method of builtins.PyCapsule instance cb_weight(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. cb_weight(pose : rosetta.core.pose.Pose, ires : int) -> float   2. cb_weight(pose : rosetta.core.pose.Pose, ires : int, distance_threshold : float) -> float cb_weight_map_from_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance cb_weight_map_from_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t cb_weights_from_map(...) method of builtins.PyCapsule instance cb_weights_from_map(pose : rosetta.core.pose.Pose, map : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> rosetta.utility.vector1_double cb_weights_from_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance cb_weights_from_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> rosetta.utility.vector1_double center_of_geom(...) method of builtins.PyCapsule instance center_of_geom(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. center_of_geom(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t   2. center_of_geom(pose : rosetta.core.pose.Pose, str : int) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t   3. center_of_geom(pose : rosetta.core.pose.Pose, str : int, end : int) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t count_CBs(...) method of builtins.PyCapsule instance count_CBs(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> int count_linkers(...) method of builtins.PyCapsule instance count_linkers(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. count_linkers(lower : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, upper : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, loop_hash_library : rosetta.protocols.loophash.LoopHashLibrary, loopsizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> int   2. count_linkers(lower : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, upper : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, loop_hash_library : rosetta.protocols.loophash.LoopHashLibrary, loopsizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, radius : int) -> int dump_loophash_linkers(...) method of builtins.PyCapsule instance dump_loophash_linkers(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. dump_loophash_linkers(lower : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, upper : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, loop_hash_library : rosetta.protocols.loophash.LoopHashLibrary, loopsizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> int   2. dump_loophash_linkers(lower : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, upper : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, loop_hash_library : rosetta.protocols.loophash.LoopHashLibrary, loopsizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, radius : int) -> int   3. dump_loophash_linkers(lower : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, upper : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, loop_hash_library : rosetta.protocols.loophash.LoopHashLibrary, loopsizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, radius : int, outtag : str) -> int dump_points_pdb(...) method of builtins.PyCapsule instance dump_points_pdb(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. dump_points_pdb(p : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, fn : str) -> NoneType   2. dump_points_pdb(p : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, t : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, fn : str) -> NoneType flood_fill3D(...) method of builtins.PyCapsule instance flood_fill3D(i : int, j : int, k : int, grid : ObjexxFCL::FArray3D<double>, t : float) -> int get_CB_Vecs_from_map(...) method of builtins.PyCapsule instance get_CB_Vecs_from_map(pose : rosetta.core.pose.Pose, map : rosetta.core.id.AtomID_Map_double_t) -> rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t get_CB_Vecs_from_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance get_CB_Vecs_from_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t get_leap_6dof(...) method of builtins.PyCapsule instance get_leap_6dof(lower : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, upper : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> rosetta.utility.fixedsizearray1_double_6_t get_leap_lower_stub(...) method of builtins.PyCapsule instance get_leap_lower_stub(pose : rosetta.core.pose.Pose, ir : int) -> rosetta.protocols.sic_dock.Vec3 get_leap_upper_stub(...) method of builtins.PyCapsule instance get_leap_upper_stub(pose : rosetta.core.pose.Pose, ir : int) -> rosetta.protocols.sic_dock.Vec3 get_rg(...) method of builtins.PyCapsule instance get_rg(p : rosetta.core.pose.Pose) -> float get_termini_from_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance get_termini_from_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_termini_from_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, ir : int, lowers : rosetta.utility.vector1_std_pair_unsigned_long_protocols_sic_dock_Vec3_t, uppers : rosetta.utility.vector1_std_pair_unsigned_long_protocols_sic_dock_Vec3_t) -> NoneType   2. get_termini_from_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, lowers : rosetta.utility.vector1_std_pair_unsigned_long_protocols_sic_dock_Vec3_t, uppers : rosetta.utility.vector1_std_pair_unsigned_long_protocols_sic_dock_Vec3_t) -> NoneType get_xform_stats(...) method of builtins.PyCapsule instance get_xform_stats(sir : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, sjr : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, dx : float, dy : float, dz : float, ex : float, ey : float, ez : float) -> NoneType getxform(...) method of builtins.PyCapsule instance getxform(move_resi : rosetta.core.conformation.Residue, fixd_resi : rosetta.core.conformation.Residue) -> rosetta.core.kinematics.Stub invstub(...) method of builtins.PyCapsule instance invstub(a : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t linker_count2score(...) method of builtins.PyCapsule instance linker_count2score(count : int) -> float make_Cx(...) method of builtins.PyCapsule instance make_Cx(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. make_Cx(pose : rosetta.core.pose.Pose, N : int) -> NoneType   2. make_Cx(pose : rosetta.core.pose.Pose, N : int, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType multstubs(...) method of builtins.PyCapsule instance multstubs(a : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, b : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t neighbor_count(...) method of builtins.PyCapsule instance neighbor_count(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. neighbor_count(pose : rosetta.core.pose.Pose, ires : int) -> int   2. neighbor_count(pose : rosetta.core.pose.Pose, ires : int, distance_threshold : float) -> int pose1_has_most_CBs(...) method of builtins.PyCapsule instance pose1_has_most_CBs(pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose) -> bool pose_with_most_CBs(...) method of builtins.PyCapsule instance pose_with_most_CBs(pose1 : rosetta.core.pose.Pose, pose2 : rosetta.core.pose.Pose) -> rosetta.core.pose.Pose projperp(...) method of builtins.PyCapsule instance projperp(u : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, v : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t range(...) method of builtins.PyCapsule instance range(beg : int, end : int) -> rosetta.utility.vector1_unsigned_long read_biounit(...) method of builtins.PyCapsule instance read_biounit(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> bool   2. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, max_res : int) -> bool   3. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, max_res : int, debug : bool) -> bool   4. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, bfactors : rosetta.utility.vector1_double, occupancy : rosetta.utility.vector1_double) -> bool   5. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, bfactors : rosetta.utility.vector1_double, occupancy : rosetta.utility.vector1_double, max_res : int) -> bool   6. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, bfactors : rosetta.utility.vector1_double, occupancy : rosetta.utility.vector1_double, max_res : int, debug : bool) -> bool   7. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, bfactors : rosetta.utility.vector1_double, occupancy : rosetta.utility.vector1_double, pdbres : rosetta.utility.vector1_int, pdbchain : rosetta.std.map_int_char, nresmodel1 : int) -> bool   8. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, bfactors : rosetta.utility.vector1_double, occupancy : rosetta.utility.vector1_double, pdbres : rosetta.utility.vector1_int, pdbchain : rosetta.std.map_int_char, nresmodel1 : int, max_res : int) -> bool   9. read_biounit(fname : str, pose : rosetta.core.pose.Pose, bfactors : rosetta.utility.vector1_double, occupancy : rosetta.utility.vector1_double, pdbres : rosetta.utility.vector1_int, pdbchain : rosetta.std.map_int_char, nresmodel1 : int, max_res : int, debug : bool) -> bool residue_is_floppy(...) method of builtins.PyCapsule instance residue_is_floppy(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. residue_is_floppy(pose : rosetta.core.pose.Pose, ir : int) -> bool   2. residue_is_floppy(pose : rosetta.core.pose.Pose, ir : int, ttrim_cut : float) -> bool   3. residue_is_floppy(pose : rosetta.core.pose.Pose, ir : int, ttrim_cut : float, nfold : int) -> bool rot_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance rot_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, rot : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   2. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, rot : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, start : int) -> NoneType   3. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, rot : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, start : int, end : int) -> NoneType   4. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, rot : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   5. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, rot : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, start : int) -> NoneType   6. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, rot : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, start : int, end : int) -> NoneType   7. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, ang : float) -> NoneType   8. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, ang : float, start : int) -> NoneType   9. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, ang : float, start : int, end : int) -> NoneType   10. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, ang : float, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   11. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, ang : float, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, start : int) -> NoneType   12. rot_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, axis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, ang : float, cen : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, start : int, end : int) -> NoneType slide_into_contact_and_score(...) method of builtins.PyCapsule instance slide_into_contact_and_score(sic : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, sfxn : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, xa : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, xb : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, ori : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, score : float) -> float slide_into_contact_and_score_DEPRICATED(...) method of builtins.PyCapsule instance slide_into_contact_and_score_DEPRICATED(sic : rosetta.protocols.sic_dock.SICFast, sfxn : rosetta.protocols.sic_dock.RigidScore, xa : rosetta.core.kinematics.Stub, xb : rosetta.core.kinematics.Stub, ori : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, score : float) -> float trans_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance trans_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. trans_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, trans : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   2. trans_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, trans : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, start : int) -> NoneType   3. trans_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, trans : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, start : int, end : int) -> NoneType vec3_to_stub(...) method of builtins.PyCapsule instance vec3_to_stub(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. vec3_to_stub(v3 : rosetta.protocols.sic_dock.Vec3) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t   2. vec3_to_stub(xform : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, v3 : rosetta.protocols.sic_dock.Vec3) -> rosetta.numeric.xyzTransform_double_t xform_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance xform_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. xform_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.core.kinematics.Stub) -> NoneType   2. xform_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.core.kinematics.Stub, sres : int) -> NoneType   3. xform_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.core.kinematics.Stub, sres : int, eres : int) -> NoneType   4. xform_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> NoneType   5. xform_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, sres : int) -> NoneType   6. xform_pose(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t, sres : int, eres : int) -> NoneType xform_pose_rev(...) method of builtins.PyCapsule instance xform_pose_rev(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. xform_pose_rev(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.core.kinematics.Stub) -> NoneType   2. xform_pose_rev(pose : rosetta.core.pose.Pose, s : rosetta.numeric.xyzTransform_double_t) -> NoneType