Bindings for protocols::rbsegment_relax namespace

Classes
		builtins.object RBResidueRange RBSegment RBSegmentType rosetta.protocols.moves.Mover(builtins.object) AutoRBMover FragInsertAndAlignMover IdealizeHelicesMover MakeStarTopologyMover OptimizeThreadingMover RBSegmentMover GaussianRBSegmentMover HelicalGaussianMover SequenceShiftMover StrandTwistingMover RBSegmentRelax rosetta.protocols.moves.MoverCreator(builtins.object) IdealizeHelicesMoverCreator MakeStarTopologyMoverCreator OptimizeThreadingMoverCreator rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t(builtins.object) RB_lt   class AutoRBMover(rosetta.protocols.moves.Mover)       Method resolution order: AutoRBMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover) -> str setup_topology(...) from builtins.PyCapsule setup_topology(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.AutoRBMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Return a clone of the Mover object. create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class FragInsertAndAlignMover(rosetta.protocols.moves.Mover)     ///////////////////////////////////////////////////////      Performs a rigid-body movement on a segment of a protein        Derived classes must implement 'getCoordinateTransform' and 'apply' //////////////////////////////////////////////////////     Method resolution order: FragInsertAndAlignMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.utility.vector1_protocols_rbsegment_relax_RBSegment, rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   doc   3. __init__(self : handle, rbsegs : rosetta.utility.vector1_protocols_rbsegment_relax_RBSegment, ref_pose : rosetta.core.pose.Pose, randomness : float) -> NoneType   4. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   insert one RB fragment + realign   2. apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, idx : int) -> NoneType   insert one RB fragment + realign   3. apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, idx : int, idealize : bool) -> NoneType   insert one RB fragment + realign assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover bootstrapCATrace(...) from builtins.PyCapsule bootstrapCATrace(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover, start_pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   take a CA-only pose and insert idealized fragments close to the trace clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   clone this object get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.FragInsertAndAlignMover) -> str Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class GaussianRBSegmentMover(RBSegmentMover)     ////////////////////////////////////////     Generic random segment mover   ////////////////////////////////////////     Method resolution order: GaussianRBSegmentMover RBSegmentMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   doc   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float) -> NoneType   doc   3. __init__(self : handle, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigR : float, sigT : float) -> NoneType   4. __init__(handle) -> NoneType   doc   5. __init__(handle, float) -> NoneType   doc   6. __init__(self : handle, sigR : float, sigT : float) -> NoneType   7. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Randomly perturb the segment assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   clone this object getCoordinateTransformation(...) from builtins.PyCapsule getCoordinateTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationCenter : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, coordinateTransform : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Get the fragment center / matrix that rotates global coordinates into local fragment coordinates.  Defined such that +z points to the C-terminal end of the helix axis,  +x from the helix axis to the N-terminal residue get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover) -> str set_movement(...) from builtins.PyCapsule set_movement(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. set_movement(rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover) -> NoneType   set movement parameters      sigR: the stdev of rotation      sigT: the stdev of movement   2. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover, sigAxisR : float) -> NoneType   set movement parameters      sigR: the stdev of rotation      sigT: the stdev of movement   3. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float) -> NoneType   set movement parameters      sigR: the stdev of rotation      sigT: the stdev of movement   4. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float) -> NoneType   set movement parameters      sigR: the stdev of rotation      sigT: the stdev of movement   5. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.GaussianRBSegmentMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   set movement parameters      sigR: the stdev of rotation      sigT: the stdev of movement Methods inherited from RBSegmentMover: applyRotation(...) from builtins.PyCapsule applyRotation(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, alpha : float, beta : float, gamma : float) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by Euler angles (in degrees!)   2. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by a rotation matrix applySpin(...) from builtins.PyCapsule applySpin(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationAxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, degrees : float) -> NoneType   Apply a spin of the specified angle (in degrees) about arbitrary axis applyTransformation(...) from builtins.PyCapsule applyTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply a rotation followed by a translation (does not recompute coordinate transformation between the two!) applyTranslation(...) from builtins.PyCapsule applyTranslation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary translation getResidueRange(...) from builtins.PyCapsule getResidueRange(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment   Get the the starting and ending residues of transform print(...) from builtins.PyCapsule print(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   Print debugging info setResidueRange(...) from builtins.PyCapsule setResidueRange(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   (re)set the starting and ending residues of this transform set_segment(...) from builtins.PyCapsule set_segment(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   Set the segment this mover is working on Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class HelicalGaussianMover(RBSegmentMover)     ////////////////////////////////////////     Random movements wrt the helical axis   ////////////////////////////////////////     Method resolution order: HelicalGaussianMover RBSegmentMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   doc   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float) -> NoneType   doc   3. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float, float) -> NoneType   doc   4. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float, float, float) -> NoneType   doc   5. __init__(self : handle, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   6. __init__(handle) -> NoneType   doc   7. __init__(handle, float) -> NoneType   doc   8. __init__(handle, float, float) -> NoneType   doc   9. __init__(handle, float, float, float) -> NoneType   doc   10. __init__(self : handle, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   11. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Apply a +1 or -1 residue "shift" to this helix assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover getCoordinateTransformation(...) from builtins.PyCapsule getCoordinateTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationCenter : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, coordinateTransform : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Get the fragment center / matrix that rotates global coordinates into local fragment coordinates.  Defined such that +z points to the C-terminal end of the helix axis,  +x from the helix axis to the N-terminal residue get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover) -> str set_movement(...) from builtins.PyCapsule set_movement(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. set_movement(rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   2. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover, sigAxisR : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   3. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   4. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   5. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.HelicalGaussianMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis Methods inherited from RBSegmentMover: applyRotation(...) from builtins.PyCapsule applyRotation(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, alpha : float, beta : float, gamma : float) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by Euler angles (in degrees!)   2. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by a rotation matrix applySpin(...) from builtins.PyCapsule applySpin(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationAxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, degrees : float) -> NoneType   Apply a spin of the specified angle (in degrees) about arbitrary axis applyTransformation(...) from builtins.PyCapsule applyTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply a rotation followed by a translation (does not recompute coordinate transformation between the two!) applyTranslation(...) from builtins.PyCapsule applyTranslation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary translation getResidueRange(...) from builtins.PyCapsule getResidueRange(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment   Get the the starting and ending residues of transform print(...) from builtins.PyCapsule print(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   Print debugging info setResidueRange(...) from builtins.PyCapsule setResidueRange(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   (re)set the starting and ending residues of this transform set_segment(...) from builtins.PyCapsule set_segment(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   Set the segment this mover is working on Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class IdealizeHelicesMover(rosetta.protocols.moves.Mover)       Method resolution order: IdealizeHelicesMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMover) -> str Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class IdealizeHelicesMoverCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)       Method resolution order: IdealizeHelicesMoverCreator rosetta.protocols.moves.MoverCreator builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(handle) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMoverCreator,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMoverCreator) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMoverCreator create_mover(...) from builtins.PyCapsule create_mover(rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMoverCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover keyname(...) from builtins.PyCapsule keyname(rosetta.protocols.rbsegment_relax.IdealizeHelicesMoverCreator) -> str mover_name(...) from builtins.PyCapsule mover_name() -> str   class MakeStarTopologyMover(rosetta.protocols.moves.Mover)       Method resolution order: MakeStarTopologyMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMover) -> str Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class MakeStarTopologyMoverCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)       Method resolution order: MakeStarTopologyMoverCreator rosetta.protocols.moves.MoverCreator builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(handle) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMoverCreator,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMoverCreator) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMoverCreator create_mover(...) from builtins.PyCapsule create_mover(rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMoverCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover keyname(...) from builtins.PyCapsule keyname(rosetta.protocols.rbsegment_relax.MakeStarTopologyMoverCreator) -> str mover_name(...) from builtins.PyCapsule mover_name() -> str   class OptimizeThreadingMover(rosetta.protocols.moves.Mover)       Method resolution order: OptimizeThreadingMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMover) -> str Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class OptimizeThreadingMoverCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)       Method resolution order: OptimizeThreadingMoverCreator rosetta.protocols.moves.MoverCreator builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(handle) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMoverCreator,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMoverCreator) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMoverCreator create_mover(...) from builtins.PyCapsule create_mover(rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMoverCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover keyname(...) from builtins.PyCapsule keyname(rosetta.protocols.rbsegment_relax.OptimizeThreadingMoverCreator) -> str mover_name(...) from builtins.PyCapsule mover_name() -> str   class RBResidueRange(builtins.object)     ///////////////////////////////////////////////////////      RB residue range //////////////////////////////////////////////////////     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange, int, int) -> NoneType   doc   3. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange, begin : int, end : int, type : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> NoneType   4. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange char_type(...) from builtins.PyCapsule char_type(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> str end(...) from builtins.PyCapsule end(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> int length(...) from builtins.PyCapsule length(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> int set_end(...) from builtins.PyCapsule set_end(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange, E : int) -> NoneType set_start(...) from builtins.PyCapsule set_start(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange, S : int) -> NoneType start(...) from builtins.PyCapsule start(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> int type(...) from builtins.PyCapsule type(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType   class RBSegment(builtins.object)     ///////////////////////////////////////////////////////      Rigid-body segments in a protein //////////////////////////////////////////////////////     Methods defined here: __getitem__(...) from builtins.PyCapsule __getitem__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __getitem__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, i : int) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange   2. __getitem__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, i : int) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, seg_begin : int, seg_end : int, seg_type : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> NoneType   3. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, range_in : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> NoneType   4. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, seg_begin : int, seg_end : int, type : str) -> NoneType   5. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, segs_in : rosetta.utility.vector1_protocols_rbsegment_relax_RBSegment) -> NoneType   6. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment getSigAxisR(...) from builtins.PyCapsule getSigAxisR(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> float getSigAxisT(...) from builtins.PyCapsule getSigAxisT(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> float getSigOffAxisR(...) from builtins.PyCapsule getSigOffAxisR(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> float getSigOffAxisT(...) from builtins.PyCapsule getSigOffAxisT(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> float get_movement(...) from builtins.PyCapsule get_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType initialized(...) from builtins.PyCapsule initialized(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool isCompound(...) from builtins.PyCapsule isCompound(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool isEmpty(...) from builtins.PyCapsule isEmpty(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool isGenericRB(...) from builtins.PyCapsule isGenericRB(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool isHelix(...) from builtins.PyCapsule isHelix(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool isSheet(...) from builtins.PyCapsule isSheet(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool isSimple(...) from builtins.PyCapsule isSimple(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool nContinuousSegments(...) from builtins.PyCapsule nContinuousSegments(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> int remap(...) from builtins.PyCapsule remap(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, mapping : rosetta.core.id.SequenceMapping) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment set_movement(...) from builtins.PyCapsule set_movement(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigAxisR : float, sigAxisT : float) -> NoneType   2. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float) -> NoneType   3. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   class RBSegmentMover(rosetta.protocols.moves.Mover)     ///////////////////////////////////////////////////////      Performs a rigid-body movement on a segment of a protein        Derived classes must implement 'getCoordinateTransform' and 'apply' //////////////////////////////////////////////////////     Method resolution order: RBSegmentMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   3. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Apply the rigid-body fragment mover to a pose.  Must be defined by derived classes. applyRotation(...) from builtins.PyCapsule applyRotation(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, alpha : float, beta : float, gamma : float) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by Euler angles (in degrees!)   2. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by a rotation matrix applySpin(...) from builtins.PyCapsule applySpin(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationAxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, degrees : float) -> NoneType   Apply a spin of the specified angle (in degrees) about arbitrary axis applyTransformation(...) from builtins.PyCapsule applyTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply a rotation followed by a translation (does not recompute coordinate transformation between the two!) applyTranslation(...) from builtins.PyCapsule applyTranslation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary translation assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover getCoordinateTransformation(...) from builtins.PyCapsule getCoordinateTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover,  : rosetta.core.pose.Pose, rotationCenter : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, coordinateTransform : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Returns: (a) the matrix that rotates global coordinates into local fragment coordinates and  (b) the center of rotation of the fragment.  Default implementation sets them to global coords getResidueRange(...) from builtins.PyCapsule getResidueRange(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment   Get the the starting and ending residues of transform get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> str print(...) from builtins.PyCapsule print(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   Print debugging info setResidueRange(...) from builtins.PyCapsule setResidueRange(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   (re)set the starting and ending residues of this transform set_movement(...) from builtins.PyCapsule set_movement(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. set_movement(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   Set mover-specific movement parameters.  Do nothing by default.   2. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, p1 : float) -> NoneType   Set mover-specific movement parameters.  Do nothing by default.   3. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, p1 : float, p2 : float) -> NoneType   Set mover-specific movement parameters.  Do nothing by default.   4. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, p1 : float, p2 : float, p3 : float) -> NoneType   Set mover-specific movement parameters.  Do nothing by default.   5. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, p1 : float, p2 : float, p3 : float, p4 : float) -> NoneType   Set mover-specific movement parameters.  Do nothing by default.   6. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, rb : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   steal movement params from a segment definition set_segment(...) from builtins.PyCapsule set_segment(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   Set the segment this mover is working on Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Return a clone of the Mover object. create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class RBSegmentRelax(rosetta.protocols.moves.Mover)       Method resolution order: RBSegmentRelax rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(self : handle, scorefxn : rosetta.core.scoring.ScoreFunction, RBSegment_input : rosetta.utility.vector1_protocols_rbsegment_relax_RBSegment, Loops_input : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. add_compositeSegmentMover(...) from builtins.PyCapsule add_compositeSegmentMover(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, newMover : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType add_genericRBMover(...) from builtins.PyCapsule add_genericRBMover(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, newMover : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType add_helixMover(...) from builtins.PyCapsule add_helixMover(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, newMover : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType add_strandMover(...) from builtins.PyCapsule add_strandMover(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, newMover : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType add_wholeStructureMover(...) from builtins.PyCapsule add_wholeStructureMover(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, newMover : rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax clear_movesets(...) from builtins.PyCapsule clear_movesets(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax) -> NoneType get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax) -> str initialize(...) from builtins.PyCapsule initialize(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. initialize(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, frag_libs : rosetta.utility.vector1_std_shared_ptr_core_fragment_FragSet_t) -> NoneType   2. initialize(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, frag_libs : rosetta.utility.vector1_std_shared_ptr_core_fragment_FragSet_t, rnd : float) -> NoneType set_bootstrap(...) from builtins.PyCapsule set_bootstrap(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, boot : bool) -> NoneType set_cst_weight(...) from builtins.PyCapsule set_cst_weight(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, wt : float) -> NoneType set_cst_width(...) from builtins.PyCapsule set_cst_width(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, width : float) -> NoneType set_fix_ligands(...) from builtins.PyCapsule set_fix_ligands(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, fix : bool) -> NoneType set_genericRBMoveStepsize(...) from builtins.PyCapsule set_genericRBMoveStepsize(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, trans : float, rot : float) -> NoneType set_helicalMoveStepsize(...) from builtins.PyCapsule set_helicalMoveStepsize(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, onAxisTrans : float, onAxisRot : float, offAxisTrans : float, offAxisRot : float) -> NoneType set_ncycles(...) from builtins.PyCapsule set_ncycles(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, ncycles : int) -> NoneType set_randomize(...) from builtins.PyCapsule set_randomize(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, rand : int) -> NoneType set_skip_lr(...) from builtins.PyCapsule set_skip_lr(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, skip : bool) -> NoneType set_temperature(...) from builtins.PyCapsule set_temperature(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentRelax, start : float, final : float) -> NoneType Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Return a clone of the Mover object. create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class RBSegmentType(builtins.object)     ///////////////////////////////////////////////////////      Enumeration of RB types //////////////////////////////////////////////////////     Methods defined here: __eq__(...) from builtins.PyCapsule __eq__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> bool __hash__(...) from builtins.PyCapsule __hash__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> int __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType, int) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType, int) -> NoneType __int__(...) from builtins.PyCapsule __int__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> int __ne__(...) from builtins.PyCapsule __ne__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> bool __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. __repr__(...) from builtins.PyCapsule __repr__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentType) -> str Data and other attributes defined here: RB_DEFAULT = RBSegmentType.RB_DEFAULT RB_HELIX = RBSegmentType.RB_HELIX RB_SHEET = RBSegmentType.RB_SHEET   class RB_lt(rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t)     //////////     Method resolution order: RB_lt rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t builtins.object Methods defined here: __call__(...) from builtins.PyCapsule __call__(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RB_lt, x : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, y : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> bool __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RB_lt) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. Methods inherited from rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t,  : rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t) -> rosetta.std.binary_function_double_double_bool_t   class SequenceShiftMover(RBSegmentMover)     ////////////////////////////////////////     "Register shift" a segment by one amino-acid   Works in both centroid and all-atom   ////////////////////////////////////////     Method resolution order: SequenceShiftMover RBSegmentMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   doc   2. __init__(self : handle, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, magnitude : int) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.core.pose.Pose, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   doc   4. __init__(self : handle, pose_in : rosetta.core.pose.Pose, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, magnitude : int) -> NoneType   5. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange) -> NoneType   doc   6. __init__(self : handle, rb : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBResidueRange, magnitude : int) -> NoneType   7. __init__(handle) -> NoneType   8. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Apply a + or - residue "shift" to this helix   2. apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, shift : int) -> NoneType   Apply a + or - residue "shift" to this helix assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   clone this object get_residues_to_rebuild(...) from builtins.PyCapsule get_residues_to_rebuild(rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops   IF ref_pose is given, get a list of residues to rebuild via fragment insertion score(...) from builtins.PyCapsule score(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. score(rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover) -> int   Return a score: the minimum number of block shifts accumulated   2. score(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover, step_fn : bool) -> int   Return a score: the minimum number of block shifts accumulated set_extra_penalty(...) from builtins.PyCapsule set_extra_penalty(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover, penalty_res : rosetta.utility.vector1_bool) -> NoneType   Set an extra block-shift penalty at certain residues set_movement(...) from builtins.PyCapsule set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover,  : float,  : float,  : float,  : float) -> NoneType   set movement parameters.  ignore all input args set_verbose(...) from builtins.PyCapsule set_verbose(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover, inval : bool) -> NoneType trigger_accept(...) from builtins.PyCapsule trigger_accept(rosetta.protocols.rbsegment_relax.SequenceShiftMover) -> NoneType   Last move accepted; update offsets_ Methods inherited from RBSegmentMover: applyRotation(...) from builtins.PyCapsule applyRotation(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, alpha : float, beta : float, gamma : float) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by Euler angles (in degrees!)   2. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by a rotation matrix applySpin(...) from builtins.PyCapsule applySpin(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationAxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, degrees : float) -> NoneType   Apply a spin of the specified angle (in degrees) about arbitrary axis applyTransformation(...) from builtins.PyCapsule applyTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply a rotation followed by a translation (does not recompute coordinate transformation between the two!) applyTranslation(...) from builtins.PyCapsule applyTranslation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary translation getCoordinateTransformation(...) from builtins.PyCapsule getCoordinateTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover,  : rosetta.core.pose.Pose, rotationCenter : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, coordinateTransform : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Returns: (a) the matrix that rotates global coordinates into local fragment coordinates and  (b) the center of rotation of the fragment.  Default implementation sets them to global coords getResidueRange(...) from builtins.PyCapsule getResidueRange(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment   Get the the starting and ending residues of transform get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> str print(...) from builtins.PyCapsule print(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   Print debugging info setResidueRange(...) from builtins.PyCapsule setResidueRange(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   (re)set the starting and ending residues of this transform set_segment(...) from builtins.PyCapsule set_segment(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   Set the segment this mover is working on Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class StrandTwistingMover(RBSegmentMover)     ////////////////////////////////////////     Strand Twisting   ////////////////////////////////////////     Method resolution order: StrandTwistingMover RBSegmentMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   doc   2. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float) -> NoneType   doc   3. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float, float) -> NoneType   doc   4. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, float, float, float) -> NoneType   doc   5. __init__(self : handle, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   6. __init__(handle) -> NoneType   doc   7. __init__(handle, float) -> NoneType   doc   8. __init__(handle, float, float) -> NoneType   doc   9. __init__(handle, float, float, float) -> NoneType   doc   10. __init__(self : handle, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   11. __init__(handle, rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Apply a +1 or -1 residue "shift" to this helix assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover,  : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover getCoordinateTransformation(...) from builtins.PyCapsule getCoordinateTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationCenter : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, coordinateTransform : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Get the fragment center / matrix that rotates global coordinates into local fragment coordinates.  Defined such that +z points to the C-terminal end of the helix axis,  +x from the helix axis to the N-terminal residue get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover) -> str set_movement(...) from builtins.PyCapsule set_movement(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. set_movement(rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   2. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover, sigAxisR : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   3. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   4. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis   5. set_movement(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.StrandTwistingMover, sigAxisR : float, sigAxisT : float, sigOffAxisR : float, sigOffAxisT : float) -> NoneType   set movement parameters      sigAxisR: the stdev of rotation along the helical axis      sigAxisT: the stdev of movement along the helical axis      sigOffAxisR: the stdev of rotation normal to the helical axis      sigOffAxisT: the stdev of movement normal to the helical axis Methods inherited from RBSegmentMover: applyRotation(...) from builtins.PyCapsule applyRotation(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, alpha : float, beta : float, gamma : float) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by Euler angles (in degrees!)   2. applyRotation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary rotation specified by a rotation matrix applySpin(...) from builtins.PyCapsule applySpin(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotationAxis : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, degrees : float) -> NoneType   Apply a spin of the specified angle (in degrees) about arbitrary axis applyTransformation(...) from builtins.PyCapsule applyTransformation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, rotation : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply a rotation followed by a translation (does not recompute coordinate transformation between the two!) applyTranslation(...) from builtins.PyCapsule applyTranslation(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose, translation : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> NoneType   Apply an arbitrary translation getResidueRange(...) from builtins.PyCapsule getResidueRange(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment   Get the the starting and ending residues of transform print(...) from builtins.PyCapsule print(rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover) -> NoneType   Print debugging info setResidueRange(...) from builtins.PyCapsule setResidueRange(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   (re)set the starting and ending residues of this transform set_segment(...) from builtins.PyCapsule set_segment(self : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegmentMover, seg : rosetta.protocols.rbsegment_relax.RBSegment) -> NoneType   Set the segment this mover is working on Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType