rosetta.protocols.loop_modeling.utilities
index
(built-in)

Bindings for protocols::loop_modeling::utilities namespace

 
Classes
       
rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover(rosetta.protocols.moves.Mover)
AcceptanceCheck
LoopFilter
LoopMoverGroup
PrepareForCentroid
PrepareForFullatom
rosetta.protocols.moves.MoverCreator(builtins.object)
PrepareForCentroidCreator
PrepareForFullatomCreator

 
class AcceptanceCheck(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover)
    Apply an additional Monte Carlo acceptance check.
 
 
This class is meant to be used when you have a complex loop
sampling protocol (e.g. when you are stringing together a large number of
loop movers) and you want to add intermediate acceptance checks.  Note that
you don't usually have to use this class, because LoopProtocol always makes
an acceptance check after all the loop movers have been applied.
 
 
Method resolution order:
AcceptanceCheck
rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
rosetta.protocols.moves.Mover
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. __init__(handle, rosetta.protocols.moves.MonteCarlo) -> NoneType
 
doc
 
2. __init__(self : handle, monte_carlo : rosetta.protocols.moves.MonteCarlo, name : str) -> NoneType
 
3. __init__(handle, rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.AcceptanceCheck) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.AcceptanceCheck,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.AcceptanceCheck) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.AcceptanceCheck
get_name(...) from builtins.PyCapsule
get_name(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.AcceptanceCheck) -> str
 
LoopMover::get_name

Methods inherited from rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover:
apply(...) from builtins.PyCapsule
apply(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Sample the pose in the regions specified by get_loops().
 
 
 The parent class apply() method automatically sets up a fold
 tree (if necessary) and keeps track of whether or not the move succeeded.
 Child classes should reimplement do_apply() instead of this method.
get_children_names(...) from builtins.PyCapsule
get_children_names(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
 
2. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string, indent : str) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
get_loop(...) from builtins.PyCapsule
get_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, index : int) -> rosetta.protocols.loops.Loop
 
Return the specified loop.
get_loops(...) from builtins.PyCapsule
get_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
request_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
request_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest
 
Return an enum representing the kind of fold tree that is
 compatible with this mover.
 
 
 The FoldTreeRequest enum values can be combined using the
 bitwise logical operators.  For example, you can request either the
 standard fold tree or a simple fold tree with `FTR_LOOPS_WITH_CUTS |
 FTR_SIMPLE_TREE.`
set_loop(...) from builtins.PyCapsule
set_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loop : rosetta.protocols.loops.Loop) -> NoneType
 
Set the loop to be sampled on the next call to apply().
set_loops(...) from builtins.PyCapsule
set_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
setup_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
setup_fold_tree(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops, request : rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest) -> NoneType
 
Setup the given pose with a fold tree that is compatible with the
 given loops and requests.
trust_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
trust_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> NoneType
 
Promise that the calling code will setup a fold tree compatible
 with request_fold_tree().  If this method is not called, this mover will
 setup a fold tree on its own every time apply() is called.
was_successful(...) from builtins.PyCapsule
was_successful(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> bool
 
Return true if the previous move was successful.

Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover:
clear_info(...) from builtins.PyCapsule
clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.
 
 
 clear_info is called by jd2 before calling apply
clone(...) from builtins.PyCapsule
clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Return a clone of the Mover object.
create(...) from builtins.PyCapsule
create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule
fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Generates a new Mover object freshly created with the default ctor.
get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule
get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
 
fpd
 
 
 Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose.
get_current_job(...) from builtins.PyCapsule
get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob
get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
A tag is a unique identifier used to identify structures produced
 by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )
 sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor.
get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule
get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus
 
returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return.
get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_weak_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t
 
2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t
get_type(...) from builtins.PyCapsule
get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
info(...) from builtins.PyCapsule
info(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
non-const accessor
 
2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
const accessor
last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule
last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float
name(...) from builtins.PyCapsule
name() -> str
register_options(...) from builtins.PyCapsule
register_options(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. register_options() -> NoneType
 
Overload this static method if you access options within the mover.
 
 
 These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.
 Do this recursively!
 If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.
 
2. register_options() -> NoneType
 
3. register_options() -> NoneType
 
4. register_options() -> NoneType
 
5. register_options() -> NoneType
 
6. register_options() -> NoneType
 
7. register_options() -> NoneType
 
8. register_options() -> NoneType
 
9. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
10. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
11. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDock class
 
12. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDockProtocol class
 
13. register_options() -> NoneType
 
Register the options used by this mover with the global options
 system.
 
14. register_options() -> NoneType
 
15. register_options() -> NoneType
 
Associate relevant options with the TemperedDocking class.
 
16. register_options() -> NoneType
 
17. register_options() -> NoneType
 
18. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class.
 
19. register_options() -> NoneType
 
20. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the ConstraintSetMover class
 
21. register_options() -> NoneType
 
22. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class
 
23. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingProtocol class
 
24. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class
 
25. register_options() -> NoneType
 
26. register_options() -> NoneType
 
27. register_options() -> NoneType
 
28. register_options() -> NoneType
 
register options
 
29. register_options() -> NoneType
 
30. register_options() -> NoneType
 
Registers applicable options
 
31. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
32. register_options() -> NoneType
 
33. register_options() -> NoneType
 
34. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
35. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class
 
36. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
37. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
38. register_options() -> NoneType
 
39. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
40. register_options() -> NoneType
reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on
 each use.
reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input
 pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for
 that one input pose).
reset_status(...) from builtins.PyCapsule
reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s.
set_current_job(...) from builtins.PyCapsule
set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType
 
////////////////////////////end Job Distributor interface////////////////////////////////////////
set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType
set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for poses contained for rms
set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe
set_type(...) from builtins.PyCapsule
set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType
test_move(...) from builtins.PyCapsule
test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
: Unit test support function.  Apply one move to a given pose.
      Allows extra test specific functions to be called before applying
type(...) from builtins.PyCapsule
type(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType

 
class LoopFilter(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover)
    Apply any filter in the context of a loop modeling simulation.
 
 
Method resolution order:
LoopFilter
rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
rosetta.protocols.moves.Mover
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. __init__(self : handle, filter : rosetta.protocols.filters.Filter) -> NoneType
 
2. __init__(handle, rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopFilter) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopFilter,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopFilter) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopFilter
do_apply(...) from builtins.PyCapsule
do_apply(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopFilter, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> bool
 
Apply the given filter and return the result.
get_name(...) from builtins.PyCapsule
get_name(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopFilter) -> str
 
LoopMover::get_name

Methods inherited from rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover:
apply(...) from builtins.PyCapsule
apply(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Sample the pose in the regions specified by get_loops().
 
 
 The parent class apply() method automatically sets up a fold
 tree (if necessary) and keeps track of whether or not the move succeeded.
 Child classes should reimplement do_apply() instead of this method.
get_children_names(...) from builtins.PyCapsule
get_children_names(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
 
2. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string, indent : str) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
get_loop(...) from builtins.PyCapsule
get_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, index : int) -> rosetta.protocols.loops.Loop
 
Return the specified loop.
get_loops(...) from builtins.PyCapsule
get_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
request_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
request_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest
 
Return an enum representing the kind of fold tree that is
 compatible with this mover.
 
 
 The FoldTreeRequest enum values can be combined using the
 bitwise logical operators.  For example, you can request either the
 standard fold tree or a simple fold tree with `FTR_LOOPS_WITH_CUTS |
 FTR_SIMPLE_TREE.`
set_loop(...) from builtins.PyCapsule
set_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loop : rosetta.protocols.loops.Loop) -> NoneType
 
Set the loop to be sampled on the next call to apply().
set_loops(...) from builtins.PyCapsule
set_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
setup_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
setup_fold_tree(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops, request : rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest) -> NoneType
 
Setup the given pose with a fold tree that is compatible with the
 given loops and requests.
trust_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
trust_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> NoneType
 
Promise that the calling code will setup a fold tree compatible
 with request_fold_tree().  If this method is not called, this mover will
 setup a fold tree on its own every time apply() is called.
was_successful(...) from builtins.PyCapsule
was_successful(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> bool
 
Return true if the previous move was successful.

Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover:
clear_info(...) from builtins.PyCapsule
clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.
 
 
 clear_info is called by jd2 before calling apply
clone(...) from builtins.PyCapsule
clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Return a clone of the Mover object.
create(...) from builtins.PyCapsule
create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule
fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Generates a new Mover object freshly created with the default ctor.
get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule
get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
 
fpd
 
 
 Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose.
get_current_job(...) from builtins.PyCapsule
get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob
get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
A tag is a unique identifier used to identify structures produced
 by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )
 sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor.
get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule
get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus
 
returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return.
get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_weak_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t
 
2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t
get_type(...) from builtins.PyCapsule
get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
info(...) from builtins.PyCapsule
info(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
non-const accessor
 
2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
const accessor
last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule
last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float
name(...) from builtins.PyCapsule
name() -> str
register_options(...) from builtins.PyCapsule
register_options(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. register_options() -> NoneType
 
Overload this static method if you access options within the mover.
 
 
 These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.
 Do this recursively!
 If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.
 
2. register_options() -> NoneType
 
3. register_options() -> NoneType
 
4. register_options() -> NoneType
 
5. register_options() -> NoneType
 
6. register_options() -> NoneType
 
7. register_options() -> NoneType
 
8. register_options() -> NoneType
 
9. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
10. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
11. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDock class
 
12. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDockProtocol class
 
13. register_options() -> NoneType
 
Register the options used by this mover with the global options
 system.
 
14. register_options() -> NoneType
 
15. register_options() -> NoneType
 
Associate relevant options with the TemperedDocking class.
 
16. register_options() -> NoneType
 
17. register_options() -> NoneType
 
18. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class.
 
19. register_options() -> NoneType
 
20. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the ConstraintSetMover class
 
21. register_options() -> NoneType
 
22. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class
 
23. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingProtocol class
 
24. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class
 
25. register_options() -> NoneType
 
26. register_options() -> NoneType
 
27. register_options() -> NoneType
 
28. register_options() -> NoneType
 
register options
 
29. register_options() -> NoneType
 
30. register_options() -> NoneType
 
Registers applicable options
 
31. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
32. register_options() -> NoneType
 
33. register_options() -> NoneType
 
34. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
35. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class
 
36. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
37. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
38. register_options() -> NoneType
 
39. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
40. register_options() -> NoneType
reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on
 each use.
reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input
 pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for
 that one input pose).
reset_status(...) from builtins.PyCapsule
reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s.
set_current_job(...) from builtins.PyCapsule
set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType
 
////////////////////////////end Job Distributor interface////////////////////////////////////////
set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType
set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for poses contained for rms
set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe
set_type(...) from builtins.PyCapsule
set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType
test_move(...) from builtins.PyCapsule
test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
: Unit test support function.  Apply one move to a given pose.
      Allows extra test specific functions to be called before applying
type(...) from builtins.PyCapsule
type(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType

 
class LoopMoverGroup(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover)
    Manage a collection of loop-sampling algorithms.
 
 
This class is meant to make a group of LoopMover objects behave
like a single LoopMover.  Methods like add_mover() and add_filter() are
also provided to add movers to the group.
 
 
Method resolution order:
LoopMoverGroup
rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
rosetta.protocols.moves.Mover
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. __init__(handle) -> NoneType
 
2. __init__(handle, rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
add_filter(...) from builtins.PyCapsule
add_filter(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup, filter : rosetta.protocols.filters.Filter) -> rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
 
Add a filter to this group.
add_mover(...) from builtins.PyCapsule
add_mover(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup, task : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
 
Add a mover to this group.
add_mover_group(...) from builtins.PyCapsule
add_mover_group(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup
 
Add a nested group to this group.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup
clear(...) from builtins.PyCapsule
clear(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> NoneType
 
Remove all movers and filters from this group.
empty(...) from builtins.PyCapsule
empty(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> bool
 
Return true if no movers are contained in this group.
get_children_names(...) from builtins.PyCapsule
get_children_names(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup, names : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
 
2. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup, names : rosetta.utility.vector1_std_string, indent : str) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
get_name(...) from builtins.PyCapsule
get_name(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> str
 
Return the name of this mover.
mark_as_default(...) from builtins.PyCapsule
mark_as_default(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.LoopMoverGroup) -> NoneType
 
Indicate that the current set of movers in this group is meant as
 some sort of default, and should be cleared when a new mover is added.

Methods inherited from rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover:
apply(...) from builtins.PyCapsule
apply(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Sample the pose in the regions specified by get_loops().
 
 
 The parent class apply() method automatically sets up a fold
 tree (if necessary) and keeps track of whether or not the move succeeded.
 Child classes should reimplement do_apply() instead of this method.
get_loop(...) from builtins.PyCapsule
get_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, index : int) -> rosetta.protocols.loops.Loop
 
Return the specified loop.
get_loops(...) from builtins.PyCapsule
get_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
request_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
request_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest
 
Return an enum representing the kind of fold tree that is
 compatible with this mover.
 
 
 The FoldTreeRequest enum values can be combined using the
 bitwise logical operators.  For example, you can request either the
 standard fold tree or a simple fold tree with `FTR_LOOPS_WITH_CUTS |
 FTR_SIMPLE_TREE.`
set_loop(...) from builtins.PyCapsule
set_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loop : rosetta.protocols.loops.Loop) -> NoneType
 
Set the loop to be sampled on the next call to apply().
set_loops(...) from builtins.PyCapsule
set_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
setup_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
setup_fold_tree(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops, request : rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest) -> NoneType
 
Setup the given pose with a fold tree that is compatible with the
 given loops and requests.
trust_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
trust_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> NoneType
 
Promise that the calling code will setup a fold tree compatible
 with request_fold_tree().  If this method is not called, this mover will
 setup a fold tree on its own every time apply() is called.
was_successful(...) from builtins.PyCapsule
was_successful(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> bool
 
Return true if the previous move was successful.

Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover:
clear_info(...) from builtins.PyCapsule
clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.
 
 
 clear_info is called by jd2 before calling apply
clone(...) from builtins.PyCapsule
clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Return a clone of the Mover object.
create(...) from builtins.PyCapsule
create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule
fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Generates a new Mover object freshly created with the default ctor.
get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule
get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
 
fpd
 
 
 Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose.
get_current_job(...) from builtins.PyCapsule
get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob
get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
A tag is a unique identifier used to identify structures produced
 by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )
 sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor.
get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule
get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus
 
returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return.
get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_weak_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t
 
2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t
get_type(...) from builtins.PyCapsule
get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
info(...) from builtins.PyCapsule
info(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
non-const accessor
 
2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
const accessor
last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule
last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float
name(...) from builtins.PyCapsule
name() -> str
register_options(...) from builtins.PyCapsule
register_options(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. register_options() -> NoneType
 
Overload this static method if you access options within the mover.
 
 
 These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.
 Do this recursively!
 If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.
 
2. register_options() -> NoneType
 
3. register_options() -> NoneType
 
4. register_options() -> NoneType
 
5. register_options() -> NoneType
 
6. register_options() -> NoneType
 
7. register_options() -> NoneType
 
8. register_options() -> NoneType
 
9. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
10. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
11. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDock class
 
12. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDockProtocol class
 
13. register_options() -> NoneType
 
Register the options used by this mover with the global options
 system.
 
14. register_options() -> NoneType
 
15. register_options() -> NoneType
 
Associate relevant options with the TemperedDocking class.
 
16. register_options() -> NoneType
 
17. register_options() -> NoneType
 
18. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class.
 
19. register_options() -> NoneType
 
20. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the ConstraintSetMover class
 
21. register_options() -> NoneType
 
22. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class
 
23. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingProtocol class
 
24. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class
 
25. register_options() -> NoneType
 
26. register_options() -> NoneType
 
27. register_options() -> NoneType
 
28. register_options() -> NoneType
 
register options
 
29. register_options() -> NoneType
 
30. register_options() -> NoneType
 
Registers applicable options
 
31. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
32. register_options() -> NoneType
 
33. register_options() -> NoneType
 
34. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
35. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class
 
36. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
37. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
38. register_options() -> NoneType
 
39. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
40. register_options() -> NoneType
reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on
 each use.
reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input
 pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for
 that one input pose).
reset_status(...) from builtins.PyCapsule
reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s.
set_current_job(...) from builtins.PyCapsule
set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType
 
////////////////////////////end Job Distributor interface////////////////////////////////////////
set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType
set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for poses contained for rms
set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe
set_type(...) from builtins.PyCapsule
set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType
test_move(...) from builtins.PyCapsule
test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
: Unit test support function.  Apply one move to a given pose.
      Allows extra test specific functions to be called before applying
type(...) from builtins.PyCapsule
type(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType

 
class PrepareForCentroid(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover)
    Convert a pose to centroid mode for low-resolution loop modeling.
 
 
Method resolution order:
PrepareForCentroid
rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
rosetta.protocols.moves.Mover
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. __init__(handle) -> NoneType
 
2. __init__(handle, rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroid) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroid,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroid) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroid
get_name(...) from builtins.PyCapsule
get_name(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroid) -> str
 
LoopMover::get_name

Methods inherited from rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover:
apply(...) from builtins.PyCapsule
apply(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Sample the pose in the regions specified by get_loops().
 
 
 The parent class apply() method automatically sets up a fold
 tree (if necessary) and keeps track of whether or not the move succeeded.
 Child classes should reimplement do_apply() instead of this method.
get_children_names(...) from builtins.PyCapsule
get_children_names(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
 
2. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string, indent : str) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
get_loop(...) from builtins.PyCapsule
get_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, index : int) -> rosetta.protocols.loops.Loop
 
Return the specified loop.
get_loops(...) from builtins.PyCapsule
get_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
request_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
request_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest
 
Return an enum representing the kind of fold tree that is
 compatible with this mover.
 
 
 The FoldTreeRequest enum values can be combined using the
 bitwise logical operators.  For example, you can request either the
 standard fold tree or a simple fold tree with `FTR_LOOPS_WITH_CUTS |
 FTR_SIMPLE_TREE.`
set_loop(...) from builtins.PyCapsule
set_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loop : rosetta.protocols.loops.Loop) -> NoneType
 
Set the loop to be sampled on the next call to apply().
set_loops(...) from builtins.PyCapsule
set_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
setup_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
setup_fold_tree(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops, request : rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest) -> NoneType
 
Setup the given pose with a fold tree that is compatible with the
 given loops and requests.
trust_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
trust_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> NoneType
 
Promise that the calling code will setup a fold tree compatible
 with request_fold_tree().  If this method is not called, this mover will
 setup a fold tree on its own every time apply() is called.
was_successful(...) from builtins.PyCapsule
was_successful(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> bool
 
Return true if the previous move was successful.

Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover:
clear_info(...) from builtins.PyCapsule
clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.
 
 
 clear_info is called by jd2 before calling apply
clone(...) from builtins.PyCapsule
clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Return a clone of the Mover object.
create(...) from builtins.PyCapsule
create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule
fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Generates a new Mover object freshly created with the default ctor.
get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule
get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
 
fpd
 
 
 Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose.
get_current_job(...) from builtins.PyCapsule
get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob
get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
A tag is a unique identifier used to identify structures produced
 by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )
 sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor.
get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule
get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus
 
returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return.
get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_weak_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t
 
2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t
get_type(...) from builtins.PyCapsule
get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
info(...) from builtins.PyCapsule
info(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
non-const accessor
 
2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
const accessor
last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule
last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float
name(...) from builtins.PyCapsule
name() -> str
register_options(...) from builtins.PyCapsule
register_options(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. register_options() -> NoneType
 
Overload this static method if you access options within the mover.
 
 
 These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.
 Do this recursively!
 If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.
 
2. register_options() -> NoneType
 
3. register_options() -> NoneType
 
4. register_options() -> NoneType
 
5. register_options() -> NoneType
 
6. register_options() -> NoneType
 
7. register_options() -> NoneType
 
8. register_options() -> NoneType
 
9. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
10. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
11. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDock class
 
12. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDockProtocol class
 
13. register_options() -> NoneType
 
Register the options used by this mover with the global options
 system.
 
14. register_options() -> NoneType
 
15. register_options() -> NoneType
 
Associate relevant options with the TemperedDocking class.
 
16. register_options() -> NoneType
 
17. register_options() -> NoneType
 
18. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class.
 
19. register_options() -> NoneType
 
20. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the ConstraintSetMover class
 
21. register_options() -> NoneType
 
22. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class
 
23. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingProtocol class
 
24. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class
 
25. register_options() -> NoneType
 
26. register_options() -> NoneType
 
27. register_options() -> NoneType
 
28. register_options() -> NoneType
 
register options
 
29. register_options() -> NoneType
 
30. register_options() -> NoneType
 
Registers applicable options
 
31. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
32. register_options() -> NoneType
 
33. register_options() -> NoneType
 
34. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
35. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class
 
36. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
37. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
38. register_options() -> NoneType
 
39. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
40. register_options() -> NoneType
reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on
 each use.
reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input
 pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for
 that one input pose).
reset_status(...) from builtins.PyCapsule
reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s.
set_current_job(...) from builtins.PyCapsule
set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType
 
////////////////////////////end Job Distributor interface////////////////////////////////////////
set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType
set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for poses contained for rms
set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe
set_type(...) from builtins.PyCapsule
set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType
test_move(...) from builtins.PyCapsule
test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
: Unit test support function.  Apply one move to a given pose.
      Allows extra test specific functions to be called before applying
type(...) from builtins.PyCapsule
type(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType

 
class PrepareForCentroidCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)
    
Method resolution order:
PrepareForCentroidCreator
rosetta.protocols.moves.MoverCreator
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(handle) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroidCreator,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroidCreator) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroidCreator
create_mover(...) from builtins.PyCapsule
create_mover(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroidCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover
keyname(...) from builtins.PyCapsule
keyname(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForCentroidCreator) -> str

 
class PrepareForFullatom(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover)
    Convert a pose to fullatom mode for high-resolution loop modeling.
 
 
Before we start high-resolution loop modeling, we need to make
sure that all the residues in the pose have sidechains.  There are three
ways this could happen.  This first is that the pose is already in fullatom
mode and we don't have to do anything.  This is important to check, because
we don't want to mess anything up if low-resolution loop modeling was
skipped.  The second is by copying sidechains from the original structure,
except for those in regions where the backbone was moved, which have to be
repacked.  This is the default action.  The third option, which has to be
explicitly requested, is to simply repack everything.
 
 
Method resolution order:
PrepareForFullatom
rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover
rosetta.protocols.moves.Mover
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. __init__(handle) -> NoneType
 
2. __init__(handle, rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom
get_name(...) from builtins.PyCapsule
get_name(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom) -> str
 
LoopMover::get_name
get_score_function(...) from builtins.PyCapsule
get_score_function(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom) -> rosetta.core.scoring.ScoreFunction
 
Get the score function to be used on the next call to apply().
set_force_repack(...) from builtins.PyCapsule
set_force_repack(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom, value : bool) -> NoneType
 
Guarantee the pose is repacked before the fullatom stage.
set_original_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_original_pose(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Set the original pose.  This must be called before apply().
set_score_function(...) from builtins.PyCapsule
set_score_function(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatom, score_function : rosetta.core.scoring.ScoreFunction) -> NoneType
 
Set the score function to be used on the next call to apply().

Methods inherited from rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover:
apply(...) from builtins.PyCapsule
apply(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Sample the pose in the regions specified by get_loops().
 
 
 The parent class apply() method automatically sets up a fold
 tree (if necessary) and keeps track of whether or not the move succeeded.
 Child classes should reimplement do_apply() instead of this method.
get_children_names(...) from builtins.PyCapsule
get_children_names(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
 
2. get_children_names(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, names : rosetta.utility.vector1_std_string, indent : str) -> NoneType
 
Add the names of all the algorithms invoked by this loop mover to
 the given list.  Indentation is used to represent hierarchy.
get_loop(...) from builtins.PyCapsule
get_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, index : int) -> rosetta.protocols.loops.Loop
 
Return the specified loop.
get_loops(...) from builtins.PyCapsule
get_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. get_loops(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops
 
Return the loops to be sampled on the next call to apply().
request_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
request_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest
 
Return an enum representing the kind of fold tree that is
 compatible with this mover.
 
 
 The FoldTreeRequest enum values can be combined using the
 bitwise logical operators.  For example, you can request either the
 standard fold tree or a simple fold tree with `FTR_LOOPS_WITH_CUTS |
 FTR_SIMPLE_TREE.`
set_loop(...) from builtins.PyCapsule
set_loop(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loop : rosetta.protocols.loops.Loop) -> NoneType
 
Set the loop to be sampled on the next call to apply().
set_loops(...) from builtins.PyCapsule
set_loops(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
 
2. set_loops(self : rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType
 
Set the loops to be sampled on the next call to apply().
setup_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
setup_fold_tree(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops, request : rosetta.protocols.loop_modeling.FoldTreeRequest) -> NoneType
 
Setup the given pose with a fold tree that is compatible with the
 given loops and requests.
trust_fold_tree(...) from builtins.PyCapsule
trust_fold_tree(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> NoneType
 
Promise that the calling code will setup a fold tree compatible
 with request_fold_tree().  If this method is not called, this mover will
 setup a fold tree on its own every time apply() is called.
was_successful(...) from builtins.PyCapsule
was_successful(rosetta.protocols.loop_modeling.LoopMover) -> bool
 
Return true if the previous move was successful.

Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover:
clear_info(...) from builtins.PyCapsule
clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.
 
 
 clear_info is called by jd2 before calling apply
clone(...) from builtins.PyCapsule
clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Return a clone of the Mover object.
create(...) from builtins.PyCapsule
create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule
fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
Generates a new Mover object freshly created with the default ctor.
get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule
get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
 
fpd
 
 
 Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose.
get_current_job(...) from builtins.PyCapsule
get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob
get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
A tag is a unique identifier used to identify structures produced
 by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )
 sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor.
get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule
get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus
 
returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return.
get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose
get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
 
2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover
get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule
get_self_weak_ptr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t
 
2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t
get_type(...) from builtins.PyCapsule
get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
info(...) from builtins.PyCapsule
info(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
non-const accessor
 
2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t
 
const accessor
last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule
last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float
name(...) from builtins.PyCapsule
name() -> str
register_options(...) from builtins.PyCapsule
register_options(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. register_options() -> NoneType
 
Overload this static method if you access options within the mover.
 
 
 These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.
 Do this recursively!
 If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.
 
2. register_options() -> NoneType
 
3. register_options() -> NoneType
 
4. register_options() -> NoneType
 
5. register_options() -> NoneType
 
6. register_options() -> NoneType
 
7. register_options() -> NoneType
 
8. register_options() -> NoneType
 
9. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
10. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the AntibodyModeler class
 
11. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDock class
 
12. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the SnugDockProtocol class
 
13. register_options() -> NoneType
 
Register the options used by this mover with the global options
 system.
 
14. register_options() -> NoneType
 
15. register_options() -> NoneType
 
Associate relevant options with the TemperedDocking class.
 
16. register_options() -> NoneType
 
17. register_options() -> NoneType
 
18. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class.
 
19. register_options() -> NoneType
 
20. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the ConstraintSetMover class
 
21. register_options() -> NoneType
 
22. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class
 
23. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the DockingProtocol class
 
24. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the TemperedDocking class
 
25. register_options() -> NoneType
 
26. register_options() -> NoneType
 
27. register_options() -> NoneType
 
28. register_options() -> NoneType
 
register options
 
29. register_options() -> NoneType
 
30. register_options() -> NoneType
 
Registers applicable options
 
31. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
32. register_options() -> NoneType
 
33. register_options() -> NoneType
 
34. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
35. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class
 
36. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
37. register_options() -> NoneType
 
Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class
 
38. register_options() -> NoneType
 
39. register_options() -> NoneType
 
Register options with the option system.
 
40. register_options() -> NoneType
reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on
 each use.
reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule
reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool
 
Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input
 pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for
 that one input pose).
reset_status(...) from builtins.PyCapsule
reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType
 
resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s.
set_current_job(...) from builtins.PyCapsule
set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType
 
////////////////////////////end Job Distributor interface////////////////////////////////////////
set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule
set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType
set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for poses contained for rms
set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule
set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe
set_type(...) from builtins.PyCapsule
set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType
test_move(...) from builtins.PyCapsule
test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
: Unit test support function.  Apply one move to a given pose.
      Allows extra test specific functions to be called before applying
type(...) from builtins.PyCapsule
type(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str
 
2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType

 
class PrepareForFullatomCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)
    
Method resolution order:
PrepareForFullatomCreator
rosetta.protocols.moves.MoverCreator
builtins.object

Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(handle) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatomCreator,  : rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatomCreator) -> rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatomCreator
create_mover(...) from builtins.PyCapsule
create_mover(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatomCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover
keyname(...) from builtins.PyCapsule
keyname(rosetta.protocols.loop_modeling.utilities.PrepareForFullatomCreator) -> str