Bindings for protocols::grafting namespace

Modules
		rosetta.protocols.grafting.simple_movers

Classes
		rosetta.protocols.moves.Mover(builtins.object) GraftMoverBase AnchoredGraftMover CCDEndsGraftMover rosetta.protocols.moves.MoverCreator(builtins.object) AnchoredGraftMoverCreator CCDEndsGraftMoverCreator   class AnchoredGraftMover(GraftMoverBase)     Grafting class adapted from Steven Lewis' pose_into_pose algorithm.   1) Inserts the pose piece into the scaffold pose, deleting any overhang residues or residues in the region the insertion will occur between. 2) Connects the left side of the piece to the scaffold by inserting ideal geometry     (aka superposition of terminal overhangs is not needed) 3) Cycles of:      a) SmallMover for sampling      b) CCD to close right (Nter) side of the graft.        The insert is included as dihedral-inflexible residues in the CCD arm.        Residues on either side of the scaffold are used by default to close the loop.        A Moevemap can be given to include more residues for CCD to use, such as loops connecting secondary structural elements      c) MinMover to help close the graft through chainbreak terms      d) Closure check - will stop if closed (This can be overridden)      d) MonteCarlo Boltzmann criterion   5) Repack flexible residues, insert residues, connecting residues between scaffold and insert, and neighbors   example:    mover = AnchoredGraftMover(start, end, piece, cter_overhang, nter_overhang);    mover.apply(pose);   see also: grafting/util.hh.     Uses a single arm to close the loop by default. ****Nter_loop_start---->Piece----> | Cter_loop_end**** Default movemap keeps insert Frozen in dihedral angle space, But think of the insert as part of a CCD giant arm. Default flexibility on Nter and Cter is only two residues (--> part of diagram). Will delete any residues between start and end, and any overhang residues from the insert.   Algorithm originally from pose_into_pose: The insert will be left unchanged in internal-coordinate space except for the phi on the first residue, and the psi/omega on the last residue, and atoms whose bonding partners change as a result of the insertion. Internally, apply performs the insertion, idealizes the loop residues (omegas to 180, peptide bonds idealized) and the newly made polymer connections at the insert point, and then attempts to close the loop(s). It is intended, but not guaranteed, to produce a graft with good rama, omega, and chainbreak/peptide_bond scores.  All-atom minimization of graft or pose after insertion is recommended.     Method resolution order: AnchoredGraftMover GraftMoverBase rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, int, int) -> NoneType   doc   3. __init__(self : handle, start : int, end : int, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   4. __init__(handle, int, int, rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   doc   5. __init__(handle, int, int, rosetta.core.pose.Pose, int) -> NoneType   doc   6. __init__(handle, int, int, rosetta.core.pose.Pose, int, int) -> NoneType   doc   7. __init__(self : handle, start : int, end : int, piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang_length : int, Cter_overhang_length : int, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   8. __init__(handle, rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Grafts the piece into the pose, uses CCD to close the connection.  Insert does not change dihedral space, but DOES change cartesian space by default. Does not repack any sidechains. Deletes overhang and region between start and end if residues are present. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover,  : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover final_repack(...) from builtins.PyCapsule final_repack(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. final_repack(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, final_repack : bool) -> NoneType   Pack sidechains of flexible residues, insert and neighbors at end?  Default True.   2. final_repack(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> bool   Pack sidechains of flexible residues, insert and neighbors at end? fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_Cter_loop_end(...) from builtins.PyCapsule get_Cter_loop_end(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int   the Cterminal loop end (Last flexible residue).  Useful to use after insertion. get_cterm_insert_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_cterm_insert_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int get_cterm_scaffold_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_cterm_scaffold_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int get_loops(...) from builtins.PyCapsule get_loops(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> str get_nterm_insert_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_nterm_insert_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int get_nterm_scaffold_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_nterm_scaffold_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int idealize_insert(...) from builtins.PyCapsule idealize_insert(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. idealize_insert(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, idealize : bool) -> NoneType   2. idealize_insert(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> bool neighbor_dis(...) from builtins.PyCapsule neighbor_dis(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. neighbor_dis(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, dis : float) -> NoneType   Neighbor distance for any repacking of side-chains.   2. neighbor_dis(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> float set_cen_scorefunction(...) from builtins.PyCapsule set_cen_scorefunction(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, score : rosetta.core.scoring.ScoreFunction) -> NoneType set_cycles(...) from builtins.PyCapsule set_cycles(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, cycles : int) -> NoneType set_defaults(...) from builtins.PyCapsule set_defaults(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> NoneType set_fa_scorefunction(...) from builtins.PyCapsule set_fa_scorefunction(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, score : rosetta.core.scoring.ScoreFunction) -> NoneType set_insert_flexibility(...) from builtins.PyCapsule set_insert_flexibility(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, Nter_insert_flexibility : int, Cter_insert_flexibility : int) -> NoneType   Sets insert flexibility on either end of insert set_mintype(...) from builtins.PyCapsule set_mintype(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, mintype : str) -> NoneType   Sets the mintype for the MinMover set_movemaps(...) from builtins.PyCapsule set_movemaps(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, scaffold_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, insert_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////      Advanced way to set flexibility and residues used for CCD      Will combine the movemaps for apply, and renumber everything. Flexible residues in multiple chains not recommended.  From the first bb flexible residue to the last will act as one giant CCD arm,   using those residues for minimization and CCD that have bb true in movemap.   This can be amazing as you can use loop regions in various parts of your protein to help the graft complete.  Note: Will disregard flexibility settings, as the movemaps will be used as primary way to define flexibility.  May want to consider turning off the sampling step when passing crazy movemaps. set_scaffold_flexibility(...) from builtins.PyCapsule set_scaffold_flexibility(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, Nter_scaffold_flexibility : int, Cter_scaffold_flexibility : int) -> NoneType   Sets scaffold flexiblity on either end of scaffold set_skip_sampling(...) from builtins.PyCapsule set_skip_sampling(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, skip_sampling : bool) -> NoneType   Sets the mover to skip the small mover sampling step. stop_at_closure(...) from builtins.PyCapsule stop_at_closure(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. stop_at_closure(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, stop_at_closure : bool) -> NoneType   Stop at closure of both ends?  Default True.   2. stop_at_closure(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> bool   Stop at closure of both ends? Methods inherited from GraftMoverBase: copy_pdbinfo(...) from builtins.PyCapsule copy_pdbinfo(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. copy_pdbinfo(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   Copy PDBInfo from the pose piece into pose during graft.  If false(default), PDBInfo will be obsoleted.   2. copy_pdbinfo(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> bool end(...) from builtins.PyCapsule end(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int insertion_length(...) from builtins.PyCapsule insertion_length(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int original_end(...) from builtins.PyCapsule original_end(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int set_insert_region(...) from builtins.PyCapsule set_insert_region(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, start : int, end : int) -> NoneType set_piece(...) from builtins.PyCapsule set_piece(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang_length : int, Cter_overhang_length : int) -> NoneType   Sets the piece that will be inserted, and any overhang residues.      Overhang residues are residues not being inserted into the scaffold.  These residues are deleted before insertion and are used by classes usually for superposition or  Initial orientation of the insert relative to the scaffold. start(...) from builtins.PyCapsule start(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class AnchoredGraftMoverCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)       Method resolution order: AnchoredGraftMoverCreator rosetta.protocols.moves.MoverCreator builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(handle) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMoverCreator,  : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMoverCreator) -> rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMoverCreator create_mover(...) from builtins.PyCapsule create_mover(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMoverCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover keyname(...) from builtins.PyCapsule keyname(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMoverCreator) -> str mover_name(...) from builtins.PyCapsule mover_name() -> str   class CCDEndsGraftMover(AnchoredGraftMover)     General purpose Grafting class which: 1) superimposes the insert onto the scaffold using any overhang residues, 2) Inserts the pose piece into the scaffold pose, deleting any overhang residues or residues in the region the isertion will occur between. 3) Cycles of:      a) SmallMover for sampling (Can be disabled))      b) CCDs both terminal ends of the scaffold using flexibility settings or movemap          To close the graft.      c) MinMover to help close the graft through chainbreak terms      d) Closure check - will return if closed (Can be disabled)      d) MonteCarlo Boltzmann criterion   5) Repacks flexible residues and insert residues   Differs from AnchoredGraftMover in that the insert is held fixed in space after the superposition   example:    mover = CCDEndsGraftMover(start, end, piece, cter_overhang, nter_overhang)    mover.apply(pose)   see also: grafting/util.hh.     Uses two CCD arms on either side of the scaffold to close graft. Insert is held fixed in cartesian space after superposition of any overhang residues by default.   ****Nter_loop_start-----> | Piece | <----Nter_loop_end**** (Note that Nter_loop_start and Nter_loop_end points to redidue BEFORE loop and AFTER loop) Default flexibility on Nter and Cter is only two residues (--> part of diagram). Will delete any residues between start and end of the scaffold, and any overhang residues from the insert.   Internally, apply performs the insertion, idealizes the loop residues (omegas to 180, peptide bonds idealized) and the newly made polymer connections at the insert point, and then attempts to close the loop(s). Repacks sidechains of insert and overhang residues after insertion is complete By default, will stop apply once graft is closed.  Closure is measured as all bond lengths and angles of loop being acceptable.     Method resolution order: CCDEndsGraftMover AnchoredGraftMover GraftMoverBase rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, int, int) -> NoneType   doc   3. __init__(self : handle, start : int, end : int, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   4. __init__(handle, int, int, rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   doc   5. __init__(handle, int, int, rosetta.core.pose.Pose, int) -> NoneType   doc   6. __init__(handle, int, int, rosetta.core.pose.Pose, int, int) -> NoneType   doc   7. __init__(self : handle, start : int, end : int, piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang : int, Cter_overhang : int, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   8. __init__(handle, rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover,  : rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover) -> rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover) -> str set_movemaps(...) from builtins.PyCapsule set_movemaps(self : rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMover, scaffold_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, insert_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////      Advanced way to set flexibility.      Will combine the movemaps for apply, and renumber everything. Flexible residues in multiple chains not recommended.  One arm Will go from first flexible N terminal residue to after start_+any contiguous residues on in the movemap from there. Opposite for Cter side.  This way any loop regions within a chain on either side can be used as flexible residues to close full graft.    Note: Will disregard flexibility settings, as the movemaps will be used as primary way to define flexibility.  May want to consider turning off the sampling step when passing crazy movemaps. Methods inherited from AnchoredGraftMover: final_repack(...) from builtins.PyCapsule final_repack(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. final_repack(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, final_repack : bool) -> NoneType   Pack sidechains of flexible residues, insert and neighbors at end?  Default True.   2. final_repack(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> bool   Pack sidechains of flexible residues, insert and neighbors at end? get_Cter_loop_end(...) from builtins.PyCapsule get_Cter_loop_end(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int   the Cterminal loop end (Last flexible residue).  Useful to use after insertion. get_cterm_insert_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_cterm_insert_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int get_cterm_scaffold_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_cterm_scaffold_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int get_loops(...) from builtins.PyCapsule get_loops(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> rosetta.protocols.loops.Loops get_nterm_insert_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_nterm_insert_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int get_nterm_scaffold_flexibility(...) from builtins.PyCapsule get_nterm_scaffold_flexibility(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> int idealize_insert(...) from builtins.PyCapsule idealize_insert(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. idealize_insert(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, idealize : bool) -> NoneType   2. idealize_insert(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> bool neighbor_dis(...) from builtins.PyCapsule neighbor_dis(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. neighbor_dis(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, dis : float) -> NoneType   Neighbor distance for any repacking of side-chains.   2. neighbor_dis(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> float set_cen_scorefunction(...) from builtins.PyCapsule set_cen_scorefunction(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, score : rosetta.core.scoring.ScoreFunction) -> NoneType set_cycles(...) from builtins.PyCapsule set_cycles(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, cycles : int) -> NoneType set_defaults(...) from builtins.PyCapsule set_defaults(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> NoneType set_fa_scorefunction(...) from builtins.PyCapsule set_fa_scorefunction(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, score : rosetta.core.scoring.ScoreFunction) -> NoneType set_insert_flexibility(...) from builtins.PyCapsule set_insert_flexibility(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, Nter_insert_flexibility : int, Cter_insert_flexibility : int) -> NoneType   Sets insert flexibility on either end of insert set_mintype(...) from builtins.PyCapsule set_mintype(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, mintype : str) -> NoneType   Sets the mintype for the MinMover set_scaffold_flexibility(...) from builtins.PyCapsule set_scaffold_flexibility(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, Nter_scaffold_flexibility : int, Cter_scaffold_flexibility : int) -> NoneType   Sets scaffold flexiblity on either end of scaffold set_skip_sampling(...) from builtins.PyCapsule set_skip_sampling(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, skip_sampling : bool) -> NoneType   Sets the mover to skip the small mover sampling step. stop_at_closure(...) from builtins.PyCapsule stop_at_closure(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. stop_at_closure(self : rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover, stop_at_closure : bool) -> NoneType   Stop at closure of both ends?  Default True.   2. stop_at_closure(rosetta.protocols.grafting.AnchoredGraftMover) -> bool   Stop at closure of both ends? Methods inherited from GraftMoverBase: copy_pdbinfo(...) from builtins.PyCapsule copy_pdbinfo(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. copy_pdbinfo(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   Copy PDBInfo from the pose piece into pose during graft.  If false(default), PDBInfo will be obsoleted.   2. copy_pdbinfo(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> bool end(...) from builtins.PyCapsule end(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int insertion_length(...) from builtins.PyCapsule insertion_length(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int original_end(...) from builtins.PyCapsule original_end(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int set_insert_region(...) from builtins.PyCapsule set_insert_region(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, start : int, end : int) -> NoneType set_piece(...) from builtins.PyCapsule set_piece(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang_length : int, Cter_overhang_length : int) -> NoneType   Sets the piece that will be inserted, and any overhang residues.      Overhang residues are residues not being inserted into the scaffold.  These residues are deleted before insertion and are used by classes usually for superposition or  Initial orientation of the insert relative to the scaffold. start(...) from builtins.PyCapsule start(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class CCDEndsGraftMoverCreator(rosetta.protocols.moves.MoverCreator)       Method resolution order: CCDEndsGraftMoverCreator rosetta.protocols.moves.MoverCreator builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(handle) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMoverCreator,  : rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMoverCreator) -> rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMoverCreator create_mover(...) from builtins.PyCapsule create_mover(rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMoverCreator) -> rosetta.protocols.moves.Mover keyname(...) from builtins.PyCapsule keyname(rosetta.protocols.grafting.CCDEndsGraftMoverCreator) -> str mover_name(...) from builtins.PyCapsule mover_name() -> str   class GraftMoverBase(rosetta.protocols.moves.Mover)     Fairly abstract base class for GraftMover classes     Method resolution order: GraftMoverBase rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, mover_name : str) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, start : int, end : int, mover_name : str) -> NoneType   3. __init__(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, int, int, str, rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   doc   4. __init__(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, int, int, str, rosetta.core.pose.Pose, int) -> NoneType   doc   5. __init__(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, start : int, end : int, mover_name : str, piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang_length : int, Cter_overhang_length : int) -> NoneType   6. __init__(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase,  : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase copy_pdbinfo(...) from builtins.PyCapsule copy_pdbinfo(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. copy_pdbinfo(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, copy_pdbinfo : bool) -> NoneType   Copy PDBInfo from the pose piece into pose during graft.  If false(default), PDBInfo will be obsoleted.   2. copy_pdbinfo(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> bool end(...) from builtins.PyCapsule end(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> str   Return the name of the Mover. insertion_length(...) from builtins.PyCapsule insertion_length(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int original_end(...) from builtins.PyCapsule original_end(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int set_insert_region(...) from builtins.PyCapsule set_insert_region(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, start : int, end : int) -> NoneType set_piece(...) from builtins.PyCapsule set_piece(self : rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase, piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang_length : int, Cter_overhang_length : int) -> NoneType   Sets the piece that will be inserted, and any overhang residues.      Overhang residues are residues not being inserted into the scaffold.  These residues are deleted before insertion and are used by classes usually for superposition or  Initial orientation of the insert relative to the scaffold. start(...) from builtins.PyCapsule start(rosetta.protocols.grafting.GraftMoverBase) -> int Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.moves.Mover,  : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Return a clone of the Mover object. create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType

Functions
		add_cutpoint_variants_for_ccd(...) method of builtins.PyCapsule instance add_cutpoint_variants_for_ccd(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType   Adds cutpoint varients above and below cutpoint combine_movemaps_post_insertion(...) method of builtins.PyCapsule instance combine_movemaps_post_insertion(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. combine_movemaps_post_insertion(scaffold_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, insert_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, start : int, original_end : int, insertion_length : int) -> rosetta.core.kinematics.MoveMap   combines the two main movemaps to use after the insertion.      Start + End denote residue number before and after the insert.  original_end denotes the end residue number before insertion occurred   2. combine_movemaps_post_insertion(scaffold_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, insert_mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, start : int, original_end : int, insertion_length : int, cter_overhang_start : int) -> rosetta.core.kinematics.MoveMap   combines the two main movemaps to use after the insertion.      Start + End denote residue number before and after the insert.  original_end denotes the end residue number before insertion occurred delete_overhang_residues(...) method of builtins.PyCapsule instance delete_overhang_residues(piece : rosetta.core.pose.Pose, Nter_overhang_len : int, Cter_overhang_length_len : int) -> NoneType   deletes overhang residues of the pose piece.  Recommended use is within apply method delete_region(...) method of builtins.PyCapsule instance delete_region(pose : rosetta.core.pose.Pose, start : int, end : int) -> NoneType   Deletes a region of the pose. Starting from and including 'start' and 'end' residue. graft_closed(...) method of builtins.PyCapsule instance graft_closed(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> bool   Uses has_severe_peptide_bond_issues with stringent geometry values to  determine graft closure at cutpoint. idealize_combined_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance idealize_combined_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. idealize_combined_pose(combined : rosetta.core.pose.Pose, movemap : rosetta.core.kinematics.MoveMap, start : int, insert_start : int, insert_end : int, Nter_loop_start : int, Cter_loop_end : int) -> NoneType   Idealize loop residues and residues in movemap.   2. idealize_combined_pose(combined : rosetta.core.pose.Pose, movemap : rosetta.core.kinematics.MoveMap, start : int, insert_start : int, insert_end : int, Nter_loop_start : int, Cter_loop_end : int, idealize_insert : bool) -> NoneType   Idealize loop residues and residues in movemap. insert_pose_into_pose(...) method of builtins.PyCapsule instance insert_pose_into_pose(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. insert_pose_into_pose(scaffold_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_point : int, insert_point_end : int) -> rosetta.core.pose.Pose   Steven Lewis smlewi.com, Jared Adolf-Bryfogle      inserts one pose into another pose, returning the product as a new value.      Nter->Cter. Coordinates and dihedrals of insert are unchanged.      Begins insertion AFTER insert point.   2. insert_pose_into_pose(scaffold_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_point : int, insert_point_end : int, copy_pdbinfo : bool) -> rosetta.core.pose.Pose   Steven Lewis smlewi.com, Jared Adolf-Bryfogle      inserts one pose into another pose, returning the product as a new value.      Nter->Cter. Coordinates and dihedrals of insert are unchanged.      Begins insertion AFTER insert point.   3. insert_pose_into_pose(scaffold_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_point : int) -> rosetta.core.pose.Pose   inserts one pose into another pose, returning the product as a new value.      Nter->Cter. Coordinates and dihedrals of insert are unchanged.      Begins insertion AFTER insert point. insert_point_end is assumed to be insert_point+1.   4. insert_pose_into_pose(scaffold_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_pose : rosetta.core.pose.Pose, insert_point : int, copy_pdbinfo : bool) -> rosetta.core.pose.Pose   inserts one pose into another pose, returning the product as a new value.      Nter->Cter. Coordinates and dihedrals of insert are unchanged.      Begins insertion AFTER insert point. insert_point_end is assumed to be insert_point+1. perturb_backbone_for_test(...) method of builtins.PyCapsule instance perturb_backbone_for_test(pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> float   Uses a small mover at high KT to perturb residues in the movemap for testing.   Returns bb_RMS_including_o remove_cutpoint_variants_for_ccd(...) method of builtins.PyCapsule instance remove_cutpoint_variants_for_ccd(pose : rosetta.core.pose.Pose, loops : rosetta.protocols.loops.Loops) -> NoneType   Removes cutpoint variants above and below cutpoint repack_connection_and_residues_in_movemap(...) method of builtins.PyCapsule instance repack_connection_and_residues_in_movemap(pose : rosetta.core.pose.Pose, fa_scorefxn : rosetta.core.scoring.ScoreFunction, start : int, end : int, movemap : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> NoneType   convenience function for AFTER apply method.      flexible Nter and Cter residues plus the first and last residue of the insert. repack_connection_and_residues_in_movemap_and_piece(...) method of builtins.PyCapsule instance repack_connection_and_residues_in_movemap_and_piece(pose : rosetta.core.pose.Pose, fa_scorefxn : rosetta.core.scoring.ScoreFunction, start : int, end : int, movemap : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> NoneType   convenience function for AFTER apply method.      flexible Nter and Cter residues plus the entire insert. repack_connection_and_residues_in_movemap_and_piece_and_neighbors(...) method of builtins.PyCapsule instance repack_connection_and_residues_in_movemap_and_piece_and_neighbors(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. repack_connection_and_residues_in_movemap_and_piece_and_neighbors(pose : rosetta.core.pose.Pose, fa_scorefxn : rosetta.core.scoring.ScoreFunction, start : int, end : int, movemap : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> NoneType   convenience function for AFTER apply method.      flexible Nter and Cter residues plus the entire insert and neighbors.   2. repack_connection_and_residues_in_movemap_and_piece_and_neighbors(pose : rosetta.core.pose.Pose, fa_scorefxn : rosetta.core.scoring.ScoreFunction, start : int, end : int, movemap : rosetta.core.kinematics.MoveMap, neighbor_dis : float) -> NoneType   convenience function for AFTER apply method.      flexible Nter and Cter residues plus the entire insert and neighbors. replace_region(...) method of builtins.PyCapsule instance replace_region(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. replace_region(from_pose : rosetta.core.pose.Pose, to_pose : rosetta.core.pose.Pose, from_pose_start_residue : int, to_pose_start_residue : int, insertion_length : int) -> rosetta.core.pose.Pose   replaces residues from from_pose to to_pose into pose where insertion region is defined. Returns product as a new value.   2. replace_region(from_pose : rosetta.core.pose.Pose, to_pose : rosetta.core.pose.Pose, from_pose_start_residue : int, to_pose_start_residue : int, insertion_length : int, copy_pdbinfo : bool) -> rosetta.core.pose.Pose   replaces residues from from_pose to to_pose into pose where insertion region is defined. Returns product as a new value. return_region(...) method of builtins.PyCapsule instance return_region(pose : rosetta.core.pose.Pose, start : int, end : int) -> rosetta.core.pose.Pose   Returns a region of the pose including start and end as a new pose. Has a simple foldtree. setup_single_loop_double_arm_remodeling_foldtree(...) method of builtins.PyCapsule instance setup_single_loop_double_arm_remodeling_foldtree(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. setup_single_loop_double_arm_remodeling_foldtree(pose : rosetta.core.pose.Pose, Nter_loop_start : int, Cter_loop_end : int, end : int) -> NoneType   ///////////////////////////////////////////////////////////////      ****Nter_loop_start---->Piece | <----Nter_loop_end****  Insert will move in cartesian space      for CCD and loops is end_-1   2. setup_single_loop_double_arm_remodeling_foldtree(pose : rosetta.core.pose.Pose, Nter_loop_start : int, Cter_loop_end : int, end : int, loop_modeling : bool) -> NoneType   ///////////////////////////////////////////////////////////////      ****Nter_loop_start---->Piece | <----Nter_loop_end****  Insert will move in cartesian space      for CCD and loops is end_-1 setup_single_loop_single_arm_remodeling_foldtree(...) method of builtins.PyCapsule instance setup_single_loop_single_arm_remodeling_foldtree(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. setup_single_loop_single_arm_remodeling_foldtree(pose : rosetta.core.pose.Pose, Nter_loop_start : int, Cter_loop_end : int) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////      ****Nter_loop_start---->Piece----> | Cter_loop_end****   Default FoldTree used by AnchoredGraftMover.      for CCD and loops is Cter_loop_end-1   2. setup_single_loop_single_arm_remodeling_foldtree(pose : rosetta.core.pose.Pose, Nter_loop_start : int, Cter_loop_end : int, loop_modeling : bool) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////      ****Nter_loop_start---->Piece----> | Cter_loop_end****   Default FoldTree used by AnchoredGraftMover.      for CCD and loops is Cter_loop_end-1 superimpose_overhangs_heavy(...) method of builtins.PyCapsule instance superimpose_overhangs_heavy(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. superimpose_overhangs_heavy(pose : rosetta.core.pose.Pose, piece : rosetta.core.pose.Pose, ca_only : bool, start : int, end : int) -> NoneType   uses rms_util to superimpose overhang residues of piece onto pose.      Start + End denote residue number before and after the insert will be.  For example, start = 10, end = 11 for a scaffold where the previous residues are already deleted  or a scaffold where you are superposimposing a linker between two domains -  one that ends at start and the other that begins at end   2. superimpose_overhangs_heavy(pose : rosetta.core.pose.Pose, piece : rosetta.core.pose.Pose, ca_only : bool, start : int, end : int, Nter_overhang_len : int) -> NoneType   uses rms_util to superimpose overhang residues of piece onto pose.      Start + End denote residue number before and after the insert will be.  For example, start = 10, end = 11 for a scaffold where the previous residues are already deleted  or a scaffold where you are superposimposing a linker between two domains -  one that ends at start and the other that begins at end   3. superimpose_overhangs_heavy(pose : rosetta.core.pose.Pose, piece : rosetta.core.pose.Pose, ca_only : bool, start : int, end : int, Nter_overhang_len : int, Cter_overhang_length_len : int) -> NoneType   uses rms_util to superimpose overhang residues of piece onto pose.      Start + End denote residue number before and after the insert will be.  For example, start = 10, end = 11 for a scaffold where the previous residues are already deleted  or a scaffold where you are superposimposing a linker between two domains -  one that ends at start and the other that begins at end