Bindings for protocols::frags namespace

Classes
		builtins.object FragLib RMSVallData SingleResidueTorsionFragmentLibrary TorsionFragment TorsionFragmentLibrary VallData rosetta.protocols.moves.Mover(builtins.object) TorsionFragmentMover   class FragLib(builtins.object)     ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, frag_map : rosetta.std.map_unsigned_long_std_shared_ptr_protocols_frags_TorsionFragmentLibrary_t) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType   3. __init__(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, src : rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. __str__(...) from builtins.PyCapsule __str__(rosetta.protocols.frags.FragLib) -> str assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frags.FragLib,  : rosetta.protocols.frags.FragLib) -> rosetta.protocols.frags.FragLib clear(...) from builtins.PyCapsule clear(rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType copy_fragments(...) from builtins.PyCapsule copy_fragments(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, src : rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType delete_residue(...) from builtins.PyCapsule delete_residue(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, seqpos : int) -> NoneType frag_sizes(...) from builtins.PyCapsule frag_sizes(rosetta.protocols.frags.FragLib) -> rosetta.utility.vector1_unsigned_long   slow library(...) from builtins.PyCapsule library(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. library(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, size : int) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary   2. library(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, size : int) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary shift(...) from builtins.PyCapsule shift(self : rosetta.protocols.frags.FragLib, current2desired_offset : int) -> NoneType   class RMSVallData(builtins.object)       Methods defined here: X(...) from builtins.PyCapsule X(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frags.RMSVallData, filename : str) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. add_line(...) from builtins.PyCapsule add_line(self : rosetta.protocols.frags.RMSVallData, sq : str, ss : str, x : float, y : float, z : float, ph : float, ps : float, om : float) -> NoneType   read in one more line from Vall input file get_frags(...) from builtins.PyCapsule get_frags(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_frags(self : rosetta.protocols.frags.RMSVallData, nfrags : int, templ : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, pref_seq : str, force_ss : str, frame : rosetta.core.fragment.Frame) -> NoneType   2. get_frags(self : rosetta.protocols.frags.RMSVallData, nfrags : int, templ : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, pref_seq : str, force_ss : str, frame : rosetta.core.fragment.Frame, randomness : float) -> NoneType   3. get_frags(self : rosetta.protocols.frags.RMSVallData, nfrags : int, templ : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, pref_seq : str, force_ss : str, frame : rosetta.core.fragment.Frame, randomness : float, oversample : float) -> NoneType omega(...) from builtins.PyCapsule omega(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> rosetta.utility.vector1_double phi(...) from builtins.PyCapsule phi(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> rosetta.utility.vector1_double psi(...) from builtins.PyCapsule psi(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> rosetta.utility.vector1_double read_file(...) from builtins.PyCapsule read_file(self : rosetta.protocols.frags.RMSVallData, filename : str) -> NoneType secstruct(...) from builtins.PyCapsule secstruct(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> rosetta.utility.vector1_char sequence(...) from builtins.PyCapsule sequence(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> rosetta.utility.vector1_char shrink(...) from builtins.PyCapsule shrink(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> NoneType   removes excess storage capacity to minimize memory usage size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frags.RMSVallData) -> int   number of lines in Vall database   class SingleResidueTorsionFragmentLibrary(builtins.object)     //////////////////////////////////////////////////////////////////////////    a class for collection of fragments for a single residue position   essentially a vector of TorsionFragment (owning pointers)     Methods defined here: __getitem__(...) from builtins.PyCapsule __getitem__(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, index : int) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragment   overloaded [] operator to get single piece of fragment (actual object, not owning pointers) __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary,  : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. __str__(...) from builtins.PyCapsule __str__(rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> str append_fragment(...) from builtins.PyCapsule append_fragment(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, fragment : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> NoneType   append one piece of fragment at the end assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary,  : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary clear(...) from builtins.PyCapsule clear(rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType copy_fragments(...) from builtins.PyCapsule copy_fragments(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, src : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType erase(...) from builtins.PyCapsule erase(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, index : int) -> NoneType   erase a single fragment insert_fragment(...) from builtins.PyCapsule insert_fragment(self : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, fragment : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> NoneType   insert one piece of fragment in the front size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> int   number of available fragment pieces for this position   class TorsionFragment(builtins.object)     a class for single piece of torsion fragment   It stores torsion angles and secondary structure. Torsions are stored as vector of vector, such as TorsionFragment[frag_size][n_bb_torsion]; SS are stored as vector, such as TorsionFragment[frag_length]     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, src : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> NoneType   3. __init__(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, size_in : int, nbb_in : int) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. __str__(...) from builtins.PyCapsule __str__(rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> str assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment,  : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragment clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragment get_secstruct(...) from builtins.PyCapsule get_secstruct(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pos : int) -> str get_sequence(...) from builtins.PyCapsule get_sequence(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pos : int) -> str get_torsion(...) from builtins.PyCapsule get_torsion(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pos : int, tor : int) -> float   get value for specific torsion in this piece of fragment insert(...) from builtins.PyCapsule insert(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pose : rosetta.core.pose.Pose, begin : int) -> NoneType nbb(...) from builtins.PyCapsule nbb(rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> int   number of backbone torsions. set_secstruct(...) from builtins.PyCapsule set_secstruct(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pos : int, setting : str) -> NoneType   set secstruct for this position set_sequence(...) from builtins.PyCapsule set_sequence(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pos : int, setting : str) -> NoneType   set seq for this position set_size_and_nbb(...) from builtins.PyCapsule set_size_and_nbb(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, size : int, nbb : int) -> NoneType set_torsion(...) from builtins.PyCapsule set_torsion(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragment, pos : int, tor : int, setting : float) -> NoneType   set value for specific torsion in this piece of fragment. size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frags.TorsionFragment) -> int   fragment size, 3mer or 9mer?   class TorsionFragmentLibrary(builtins.object)     //////////////////////////////////////////////////////////////////////////      a class for classic Rosetta fragment library   essentially a collection of SingleResidueTorsionFragmentLibrary (indexed by residue position)     Methods defined here: __getitem__(...) from builtins.PyCapsule __getitem__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __getitem__(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, pos : int) -> rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary   overloaded [] operator to get framgnet pieces for a certain residue position   2. __getitem__(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, pos : int) -> rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary   overloaded [] operator to get framgnet pieces for a certain residue position (access only) __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, size_in : int) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. __str__(...) from builtins.PyCapsule __str__(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> str assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary,  : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary clear(...) from builtins.PyCapsule clear(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> NoneType copy_fragments(...) from builtins.PyCapsule copy_fragments(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, src : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> NoneType delete_residue(...) from builtins.PyCapsule delete_residue(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, seqpos : int) -> NoneType derive_from_src_lib(...) from builtins.PyCapsule derive_from_src_lib(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. derive_from_src_lib(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, my_size : int, src_size : int, src_lib_op : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> bool   2. derive_from_src_lib(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, my_size : int, src_size : int, src_lib : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> bool read_file(...) from builtins.PyCapsule read_file(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, name : str, frag_size : int, nbb : int) -> bool resize(...) from builtins.PyCapsule resize(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, new_size : int) -> NoneType   change the size of fragment library shift(...) from builtins.PyCapsule shift(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, current2desired_offset : int) -> NoneType size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> int   number of residues   class TorsionFragmentMover(rosetta.protocols.moves.Mover)       Method resolution order: TorsionFragmentMover rosetta.protocols.moves.Mover builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, fraglib : rosetta.protocols.frags.FragLib, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover,  : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover) -> rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover check_ss_lengths(...) from builtins.PyCapsule check_ss_lengths(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover, setting : bool) -> NoneType frag_size(...) from builtins.PyCapsule frag_size(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. frag_size(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover) -> int   2. frag_size(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover, setting : int) -> NoneType get_name(...) from builtins.PyCapsule get_name(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover) -> str last_inserted_frag_begin(...) from builtins.PyCapsule last_inserted_frag_begin(rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover) -> int min_len_helix(...) from builtins.PyCapsule min_len_helix(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover, setting : int) -> NoneType min_len_strand(...) from builtins.PyCapsule min_len_strand(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover, setting : int) -> NoneType pose_passes_ss_length_check(...) from builtins.PyCapsule pose_passes_ss_length_check(self : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentMover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> bool Methods inherited from rosetta.protocols.moves.Mover: clear_info(...) from builtins.PyCapsule clear_info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   Strings container can be used to return miscellaneous info (as std::string) from a mover, such as notes about the results of apply(). The job distributor (Apr 09 vintage) will check this function to see if your protocol wants to add string info to the Job that ran this mover. One way this can be useful is that later, a JobOutputter may include/append this info to an output file.      clear_info is called by jd2 before calling apply clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Return a clone of the Mover object. create(...) from builtins.PyCapsule create(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover fresh_instance(...) from builtins.PyCapsule fresh_instance(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   Generates a new Mover object freshly created with the default ctor. get_additional_output(...) from builtins.PyCapsule get_additional_output(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose   fpd      Mechanism by which a mover may return multiple output poses from a single input pose. get_current_job(...) from builtins.PyCapsule get_current_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> protocols::jobdist::BasicJob get_current_tag(...) from builtins.PyCapsule get_current_tag(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   A tag is a unique identifier used to identify structures produced  by this Mover. get_current_tag() returns the tag, and set_current_tag( std::string tag )  sets the tag.  This functionality is not intended for use with the 2008 job distributor. get_input_pose(...) from builtins.PyCapsule get_input_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_last_move_status(...) from builtins.PyCapsule get_last_move_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.MoverStatus   returns status after an apply().  The job distributor (august 08 vintage) will check this function to see if your protocol wants to filter its results - if your protocol wants to say "that run was no good, skip it" then use the protected last_move_status(MoverStatus) to change the value that this function will return. get_native_pose(...) from builtins.PyCapsule get_native_pose(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.core.pose.Pose get_self_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover   2. get_self_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.protocols.moves.Mover get_self_weak_ptr(...) from builtins.PyCapsule get_self_weak_ptr(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_const_protocols_moves_Mover_t   2. get_self_weak_ptr(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.weak_ptr_protocols_moves_Mover_t get_type(...) from builtins.PyCapsule get_type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str info(...) from builtins.PyCapsule info(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   non-const accessor   2. info(rosetta.protocols.moves.Mover) -> rosetta.std.list_std_string_std_allocator_std_string_t   const accessor last_proposal_density_ratio(...) from builtins.PyCapsule last_proposal_density_ratio(rosetta.protocols.moves.Mover) -> float name(...) from builtins.PyCapsule name() -> str register_options(...) from builtins.PyCapsule register_options(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. register_options() -> NoneType   Overload this static method if you access options within the mover.      These options will end up in -help of your application if users of this mover call register_options.  Do this recursively!  If you use movers within your mover, call their register_options in your register_options() method.   2. register_options() -> NoneType   3. register_options() -> NoneType   4. register_options() -> NoneType   5. register_options() -> NoneType   6. register_options() -> NoneType   7. register_options() -> NoneType   8. register_options() -> NoneType   9. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   10. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the AntibodyModeler class   11. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDock class   12. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the SnugDockProtocol class   13. register_options() -> NoneType   Register the options used by this mover with the global options  system.   14. register_options() -> NoneType   15. register_options() -> NoneType   Associate relevant options with the TemperedDocking class.   16. register_options() -> NoneType   17. register_options() -> NoneType   18. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class.   19. register_options() -> NoneType   20. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the ConstraintSetMover class   21. register_options() -> NoneType   22. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingInitialPerturbation class   23. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the DockingProtocol class   24. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the TemperedDocking class   25. register_options() -> NoneType   26. register_options() -> NoneType   27. register_options() -> NoneType   28. register_options() -> NoneType   register options   29. register_options() -> NoneType   30. register_options() -> NoneType   Registers applicable options   31. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   32. register_options() -> NoneType   33. register_options() -> NoneType   34. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   35. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycleContainer class   36. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   37. register_options() -> NoneType   Associates relevant options with the LoopRefineInnerCycle class   38. register_options() -> NoneType   39. register_options() -> NoneType   Register options with the option system.   40. register_options() -> NoneType reinitialize_for_each_job(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_each_job(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be freshly regenerated on  each use. reinitialize_for_new_input(...) from builtins.PyCapsule reinitialize_for_new_input(rosetta.protocols.moves.Mover) -> bool   Inform the Job Distributor (August '08 vintage) whether this object needs to be regenerated when the input  pose is about to change, (for example, if the Mover has special code on the first apply() that is only valid for  that one input pose). reset_status(...) from builtins.PyCapsule reset_status(rosetta.protocols.moves.Mover) -> NoneType   resets status to SUCCESS, meant to be used before an apply().  The job distributor (august 08 vintage) uses this to ensure non-accumulation of status across apply()s. set_current_job(...) from builtins.PyCapsule set_current_job(self : rosetta.protocols.moves.Mover, job : protocols::jobdist::BasicJob) -> NoneType   ////////////////////////////end Job Distributor interface//////////////////////////////////////// set_current_tag(...) from builtins.PyCapsule set_current_tag(self : rosetta.protocols.moves.Mover, new_tag : str) -> NoneType set_input_pose(...) from builtins.PyCapsule set_input_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for poses contained for rms set_native_pose(...) from builtins.PyCapsule set_native_pose(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   setter for native poses contained for rms ---- we should get rid of this method? it is widely used, but a bit unsafe set_type(...) from builtins.PyCapsule set_type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, setting : str) -> NoneType test_move(...) from builtins.PyCapsule test_move(self : rosetta.protocols.moves.Mover, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   : Unit test support function.  Apply one move to a given pose.       Allows extra test specific functions to be called before applying type(...) from builtins.PyCapsule type(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. type(rosetta.protocols.moves.Mover) -> str   2. type(self : rosetta.protocols.moves.Mover, type_in : str) -> NoneType   class VallData(builtins.object)     /     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frags.VallData) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frags.VallData, filename : str) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. add_line(...) from builtins.PyCapsule add_line(self : rosetta.protocols.frags.VallData, sq : str, ss : str, ph : float, ps : float, om : float) -> NoneType   read in one more line from Vall input file bigbin(...) from builtins.PyCapsule bigbin(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_char chain(...) from builtins.PyCapsule chain(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_unsigned_long get_cheating_frags(...) from builtins.PyCapsule get_cheating_frags(self : rosetta.protocols.frags.VallData, nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, target_phi : rosetta.utility.vector1_double, target_psi : rosetta.utility.vector1_double, target_omega : rosetta.utility.vector1_double, seq_weight : float, ss_weight : float, torsion_weight : float, min_torsion_dev : float, max_torsion_dev : float, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType get_frags(...) from builtins.PyCapsule get_frags(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_frags(self : rosetta.protocols.frags.VallData, nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, seq_weight : float, ss_weight : float, exclude_gly : bool, exclude_pro : bool, exclude_cis_peptides : bool, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType   2. get_frags(self : rosetta.protocols.frags.VallData, nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, seq_weight : float, ss_weight : float, exclude_gly : bool, exclude_pro : bool, exclude_cis_peptides : bool, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, bb_weight : float) -> NoneType   3. get_frags(self : rosetta.protocols.frags.VallData, nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, seq_weight : float, ss_weight : float, exclude_gly : bool, exclude_pro : bool, exclude_cis_peptides : bool, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, bb_weight : float, target_bb : str) -> NoneType num_chains(...) from builtins.PyCapsule num_chains(rosetta.protocols.frags.VallData) -> int   number of chains omega(...) from builtins.PyCapsule omega(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_double phi(...) from builtins.PyCapsule phi(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_double psi(...) from builtins.PyCapsule psi(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_double read_file(...) from builtins.PyCapsule read_file(self : rosetta.protocols.frags.VallData, filename : str) -> NoneType secstruct(...) from builtins.PyCapsule secstruct(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_char sequence(...) from builtins.PyCapsule sequence(rosetta.protocols.frags.VallData) -> rosetta.utility.vector1_char shrink(...) from builtins.PyCapsule shrink(rosetta.protocols.frags.VallData) -> NoneType   removes excess storage capacity to minimize memory usage size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frags.VallData) -> int   number of lines in Vall database

Functions
		add_vall_cheating_fragments(...) method of builtins.PyCapsule instance add_vall_cheating_fragments(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. add_vall_cheating_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, torsion_weight : float, min_torsion_dev : float, max_torsion_dev : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType   2. add_vall_cheating_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, torsion_weight : float, min_torsion_dev : float, max_torsion_dev : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> NoneType add_vall_fragments(...) method of builtins.PyCapsule instance add_vall_fragments(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. add_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType   2. add_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> NoneType   3. add_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, bb_weight : float) -> NoneType   4. add_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, bb_weight : float, bigbins : str) -> NoneType   5. add_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, bb_weight : float, bigbins : str, inputseq : str) -> NoneType dump_vall_fasta(...) method of builtins.PyCapsule instance dump_vall_fasta(fasta_filename : str) -> NoneType fill_in_gaps(...) method of builtins.PyCapsule instance fill_in_gaps(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. fill_in_gaps(nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   2. fill_in_gaps(nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   3. fill_in_gaps(nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, allow_uninitialized_secstruct : bool) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// get_cheating_frags(...) method of builtins.PyCapsule instance get_cheating_frags(nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, target_phi : rosetta.utility.vector1_double, target_psi : rosetta.utility.vector1_double, target_omega : rosetta.utility.vector1_double, seq_weight : float, ss_weight : float, torsion_weight : float, min_torsion_dev : float, max_torsion_dev : float, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType get_frags(...) method of builtins.PyCapsule instance get_frags(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. get_frags(nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, seq_weight : float, ss_weight : float, exclude_gly : bool, exclude_pro : bool, exclude_cis_peptides : bool, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary) -> NoneType   handles loading the vall if necessary   2. get_frags(nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, seq_weight : float, ss_weight : float, exclude_gly : bool, exclude_pro : bool, exclude_cis_peptides : bool, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, bb_weight : float) -> NoneType   handles loading the vall if necessary   3. get_frags(nfrags : int, target_seq : str, target_ss : str, seq_weight : float, ss_weight : float, exclude_gly : bool, exclude_pro : bool, exclude_cis_peptides : bool, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, library : rosetta.protocols.frags.SingleResidueTorsionFragmentLibrary, bb_weight : float, target_bb : str) -> NoneType   handles loading the vall if necessary heap_down(...) method of builtins.PyCapsule instance heap_down(heap : ObjexxFCL::FArray1A<int>, coheap : ObjexxFCL::FArray1A<float>, index_in : int) -> NoneType heap_extract(...) method of builtins.PyCapsule instance heap_extract(heap : ObjexxFCL::FArray1A<int>, coheap : ObjexxFCL::FArray1A<float>, val : int, coval : float, err : bool) -> NoneType heap_init(...) method of builtins.PyCapsule instance heap_init(heap : ObjexxFCL::FArray1A<int>, coheap : ObjexxFCL::FArray1A<float>, max_items : int) -> NoneType heap_insert(...) method of builtins.PyCapsule instance heap_insert(heap : ObjexxFCL::FArray1A<int>, coheap : ObjexxFCL::FArray1A<float>, val : int, coval : float, err : bool) -> NoneType heap_replace(...) method of builtins.PyCapsule instance heap_replace(heap : ObjexxFCL::FArray1A<int>, coheap : ObjexxFCL::FArray1A<float>, val : int, coval : float) -> NoneType heap_up(...) method of builtins.PyCapsule instance heap_up(heap : ObjexxFCL::FArray1A<int>, coheap : ObjexxFCL::FArray1A<float>, index_in : int) -> NoneType insert_fragment(...) method of builtins.PyCapsule instance insert_fragment(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. insert_fragment(begin : int, end : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, lib : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary) -> NoneType   2. insert_fragment(begin : int, end : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, lib : rosetta.protocols.frags.TorsionFragmentLibrary, desired_insert_pos : int) -> NoneType insert_random_fragments_in_flexible_protein_regions(...) method of builtins.PyCapsule instance insert_random_fragments_in_flexible_protein_regions(flex_protein : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, frag_lib : rosetta.protocols.frags.FragLib, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType setup_vall_cheating_fragments(...) method of builtins.PyCapsule instance setup_vall_cheating_fragments(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. setup_vall_cheating_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, torsion_weight : float, min_torsion_dev : float, max_torsion_dev : float) -> rosetta.protocols.frags.FragLib   2. setup_vall_cheating_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, torsion_weight : float, min_torsion_dev : float, max_torsion_dev : float, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> rosetta.protocols.frags.FragLib setup_vall_fragments(...) method of builtins.PyCapsule instance setup_vall_fragments(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. setup_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float) -> rosetta.protocols.frags.FragLib   2. setup_vall_fragments(frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, nfrags : int, pose : rosetta.core.pose.Pose, mm : rosetta.core.kinematics.MoveMap, secstruct : str, seq_weight : float, ss_weight : float, homs_to_exclude : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> rosetta.protocols.frags.FragLib ss_length_check(...) method of builtins.PyCapsule instance ss_length_check(min_len_helix : int, min_len_strand : int, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> bool torsion2big_bin(...) method of builtins.PyCapsule instance torsion2big_bin(phi : float, psi : float, omega : float) -> str