Bindings for protocols::frag_picker::scores namespace

Classes
		builtins.object AdaptiveScoreHistogram AtomPairConstraintsData FourAtomsConstraintData FragmentScoreManager PValuedFragmentScoreManager FragmentScoreMap FragmentScoringMethod BFactor CachingScoringMethod ABEGO_SS_Score AmbigCSScore AtomBasedConstraintsScore AtomPairConstraintsScore DihedralConstraintsScore InterbondAngleScore CSScore DisulfideDistance FragmentCrmsd FragmentCrmsdResDepth FragmentDME GunnCostScore HydrophobicityProfileSimilarity HydrophobicitySimilarity JCoupling LAMBEGO_Similarity MidPhiOut MidPsiOut PCS_FragDistance PartialSecondarySimilarity Phi PhiPsiRmsd PhiPsiSquareWell ProfileScore ScoreEValuator ProfileScoreBlosum62 ProfileScoreDistWeight ProfileScoreL1 ProfileScoreStructL1 ProfileScoreSubMatrix Psi RDCScore RamaScore SecondarySimilarity SolventAccessibility TalosSSSimilarity TorsionBinSimilarity ConstScore DisulfideIdentity FragmentAllAtomCrmsd FragmentChunkCrms ProlinePhiScore SecondaryIdentity SequenceIdentity GunnCost GunnTuple MakeFragmentScoringMethod MakeABEGO_SS_Score MakeAmbigCSScore MakeAtomPairConstraintsScore MakeBFactor MakeCSScore MakeConstScore MakeDihedralConstraintsScore MakeDisulfideDistance MakeDisulfideIdentity MakeFragmentAllAtomCrmsd MakeFragmentChunkCrms MakeFragmentCrmsd MakeFragmentCrmsdResDepth MakeFragmentDME MakeGunnCostScore MakeHydrophobicityProfileSimilarity MakeHydrophobicitySimilarity MakeInterbondAngleScore MakeJCoupling MakeLAMBEGO_Similarity MakeMidPhiOut MakeMidPsiOut MakePCS_FragDistance MakePartialSecondarySimilarity MakePhi MakePhiPsiRmsd MakePhiPsiSquareWell MakeProfileScore MakeProfileScoreBlosum62 MakeProfileScoreDistWeight MakeProfileScoreL1 MakeProfileScoreStructL1 MakeProfileScoreSubMatrix MakeProlinePhiScore MakePsi MakeRDCScore MakeRamaScore MakeScoreEValuator MakeSecondaryIdentity MakeSecondarySimilarity MakeSequenceIdentity MakeSolventAccessibility MakeTalosSSSimilarity MakeTorsionBinSimilarity   class ABEGO_SS_Score(CachingScoringMethod)       Method resolution order: ABEGO_SS_Score CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, prediction_file_name : str, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ABEGO_SS_Score,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class AdaptiveScoreHistogram(builtins.object)       Methods defined here: __getitem__(...) from builtins.PyCapsule __getitem__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram, index : int) -> int __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram,  : float,  : float) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram at(...) from builtins.PyCapsule at(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram, index : int) -> int clear(...) from builtins.PyCapsule clear(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram) -> NoneType expose_counts(...) from builtins.PyCapsule expose_counts(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram) -> rosetta.utility.vector1_unsigned_long insert(...) from builtins.PyCapsule insert(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram,  : float) -> NoneType p_value(...) from builtins.PyCapsule p_value(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram,  : float) -> float size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram) -> int sum(...) from builtins.PyCapsule sum(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AdaptiveScoreHistogram) -> int   class AmbigCSScore(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: AmbigCSScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.CSTalosIO,  : rosetta.protocols.frag_picker.CSTalosIO) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AmbigCSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AmbigCSScore) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AmbigCSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AmbigCSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class AtomBasedConstraintsScore(CachingScoringMethod)     A base class for all scoring methods that need atom coordinates     The base class provides an access to atom coordinates from the current chunk It takes care of caching proper atoms from the pose for fast access.     Method resolution order: AtomBasedConstraintsScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : int,  : rosetta.utility.vector1_std_string,  : str) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : int,  : str) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> NoneType   Erases the internal array of coordinates do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType   In this case caching means copying coordinates of relevant atoms from a chunk's pose get_atom_coordinates(...) from builtins.PyCapsule get_atom_coordinates(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t   Returns coordinates for a given atom      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 get_constrainable_atoms_map(...) from builtins.PyCapsule get_constrainable_atoms_map(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> rosetta.std.map_std_string_unsigned_long   Returns a map that defines all constrained atoms used by this scoring method      Returned map defines the order of atoms as they are stored inside this object.  Indexes defined y this map can be used as arguments for has_atom() and get_atom_coordinates() methods. get_constrained_atom_id(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_name : str) -> int   returns an internal ID assigned to a given atom name      this ID remains the same for all residues get_constrained_atom_name(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_name(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_id : int) -> str   returns a name of a constrained atom when its internal ID is known      this is the oposite to get_constrained_atom_id(std::string) get_query_size(...) from builtins.PyCapsule get_query_size(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> int   provides an access to the size of the length of a query sequence has_atom(...) from builtins.PyCapsule has_atom(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> bool   Returns true if a given atom has been successfully cached and one can use its coordinates      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 Methods inherited from CachingScoringMethod: cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class AtomPairConstraintsData(builtins.object)     Holds data about a single distance constraint in the form AtomPairConstraintsScore needs     This class is used by AtomPairConstraintsScore to store data obtained from file     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData, function : rosetta.core.scoring.func.Func, offset : int, first_atom : int, second_atom : int) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData get_first_atom(...) from builtins.PyCapsule get_first_atom(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData) -> int get_function(...) from builtins.PyCapsule get_function(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData) -> rosetta.core.scoring.func.Func get_offset(...) from builtins.PyCapsule get_offset(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData) -> int get_second_atom(...) from builtins.PyCapsule get_second_atom(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsData) -> int   class AtomPairConstraintsScore(AtomBasedConstraintsScore)     Scores a fragment with a set of AtomPair constraints     Method resolution order: AtomPairConstraintsScore AtomBasedConstraintsScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : int,  : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : int) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsScore cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomPairConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from AtomBasedConstraintsScore: clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> NoneType   Erases the internal array of coordinates do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType   In this case caching means copying coordinates of relevant atoms from a chunk's pose get_atom_coordinates(...) from builtins.PyCapsule get_atom_coordinates(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t   Returns coordinates for a given atom      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 get_constrainable_atoms_map(...) from builtins.PyCapsule get_constrainable_atoms_map(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> rosetta.std.map_std_string_unsigned_long   Returns a map that defines all constrained atoms used by this scoring method      Returned map defines the order of atoms as they are stored inside this object.  Indexes defined y this map can be used as arguments for has_atom() and get_atom_coordinates() methods. get_constrained_atom_id(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_name : str) -> int   returns an internal ID assigned to a given atom name      this ID remains the same for all residues get_constrained_atom_name(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_name(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_id : int) -> str   returns a name of a constrained atom when its internal ID is known      this is the oposite to get_constrained_atom_id(std::string) get_query_size(...) from builtins.PyCapsule get_query_size(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> int   provides an access to the size of the length of a query sequence has_atom(...) from builtins.PyCapsule has_atom(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> bool   Returns true if a given atom has been successfully cached and one can use its coordinates      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class BFactor(FragmentScoringMethod)     BFactor score counts identical residues     Resulting score is the number of identical residues on corresponding positions in a vall fragment and a query sequence     Method resolution order: BFactor FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool,  : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.BFactor) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.BFactor,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.BFactor) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.BFactor score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.BFactor, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class CSScore(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: CSScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.CSTalosIO) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.CSScore) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class CachingScoringMethod(FragmentScoringMethod)       Method resolution order: CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, name : str) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod, rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ConstScore(FragmentScoringMethod)     ConstScore adds a constant to the total score for each position     The total ConstScore for a fragment = n_frag_res * score_const     Method resolution order: ConstScore FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ConstScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ConstScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ConstScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ConstScore score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ConstScore, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score i.e. returns a constant times the number of residues in a fragment      the method returns ALWAYS TRUE which is inconsistent with other methods derived from  FragmentScoringMethod base class. The other option (i.e. returning false when a score is too high)  doesn't make any sense in this case. Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class DihedralConstraintsScore(AtomBasedConstraintsScore)     Scores a fragment with a set of Dihedral constraints     Method resolution order: DihedralConstraintsScore AtomBasedConstraintsScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : int,  : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : int) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.DihedralConstraintsScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DihedralConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DihedralConstraintsScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.DihedralConstraintsScore cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DihedralConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Calculates the score Methods inherited from AtomBasedConstraintsScore: clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> NoneType   Erases the internal array of coordinates do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType   In this case caching means copying coordinates of relevant atoms from a chunk's pose get_atom_coordinates(...) from builtins.PyCapsule get_atom_coordinates(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t   Returns coordinates for a given atom      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 get_constrainable_atoms_map(...) from builtins.PyCapsule get_constrainable_atoms_map(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> rosetta.std.map_std_string_unsigned_long   Returns a map that defines all constrained atoms used by this scoring method      Returned map defines the order of atoms as they are stored inside this object.  Indexes defined y this map can be used as arguments for has_atom() and get_atom_coordinates() methods. get_constrained_atom_id(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_name : str) -> int   returns an internal ID assigned to a given atom name      this ID remains the same for all residues get_constrained_atom_name(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_name(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_id : int) -> str   returns a name of a constrained atom when its internal ID is known      this is the oposite to get_constrained_atom_id(std::string) get_query_size(...) from builtins.PyCapsule get_query_size(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> int   provides an access to the size of the length of a query sequence has_atom(...) from builtins.PyCapsule has_atom(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> bool   Returns true if a given atom has been successfully cached and one can use its coordinates      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class DisulfideDistance(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: DisulfideDistance CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, disulfide_data : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, largest_fragment : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class DisulfideIdentity(FragmentScoringMethod)     DisulfideIdentity score counts identical residues     Resulting score is the number of identical residues on corresponding positions in a vall fragment and a query sequence     Method resolution order: DisulfideIdentity FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQueryDisulfide : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideIdentity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.DisulfideIdentity, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class FourAtomsConstraintData(builtins.object)     Holds data about a single four-body constraint in the form usefull for InterbondAngleScore and DihedralConstraintsScore classes     This class is used to store data obtained from file before score method is created     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData, function : rosetta.core.scoring.func.Func, first_atom : int, second_offset : int, second_atom : int, third_offset : int, third_atom : int, fourth_offset : int, fourth_atom : int) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData get_first_atom(...) from builtins.PyCapsule get_first_atom(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int get_fourth_atom(...) from builtins.PyCapsule get_fourth_atom(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int get_fourth_offset(...) from builtins.PyCapsule get_fourth_offset(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int get_function(...) from builtins.PyCapsule get_function(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> rosetta.core.scoring.func.Func get_second_atom(...) from builtins.PyCapsule get_second_atom(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int get_second_offset(...) from builtins.PyCapsule get_second_offset(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int get_third_atom(...) from builtins.PyCapsule get_third_atom(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int get_third_offset(...) from builtins.PyCapsule get_third_offset(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FourAtomsConstraintData) -> int   class FragmentAllAtomCrmsd(FragmentScoringMethod)     scores a fragment by its crmsd to the given reference structure     Method resolution order: FragmentAllAtomCrmsd FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : rosetta.utility.vector1_utility_vector1_double_std_allocator_double_t) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentAllAtomCrmsd) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentAllAtomCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentAllAtomCrmsd) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentAllAtomCrmsd score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentAllAtomCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class FragmentChunkCrms(FragmentScoringMethod)     scores a fragment by its tmscore to the given reference structure     Method resolution order: FragmentChunkCrms FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : rosetta.core.pose.Pose,  : ObjexxFCL::FArray1D<int>) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentChunkCrms) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentChunkCrms,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentChunkCrms) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentChunkCrms score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentChunkCrms,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class FragmentCrmsd(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its crmsd to the given reference structure     Method resolution order: FragmentCrmsd CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.utility.vector1_utility_vector1_double_std_allocator_double_t) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class FragmentCrmsdResDepth(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its crmsd to the given reference structure     Method resolution order: FragmentCrmsdResDepth CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.pose.Pose, query_residue_depth : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.utility.vector1_utility_vector1_double_std_allocator_double_t, query_residue_depth : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentCrmsdResDepth,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class FragmentDME(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its DME to the given reference structure     Method resolution order: FragmentDME CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.utility.vector1_utility_vector1_double_std_allocator_double_t) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentDME,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class FragmentScoreManager(builtins.object)     holds particular score components, weights and calculates the total score for a fragment candidate     a fragment picker object needs exactly one fragment manager to pick fragments. Adding new scoring methods is supposed to be done FragmentPicker, which calls proper method from this class.     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. add_scoring_method(...) from builtins.PyCapsule add_scoring_method(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : float) -> NoneType   registers a new scoring method in this manager assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> NoneType   calls clean_up() for each FragmentScoringMethod object, if it is possible      FragmentPicker calls this method when a given chunk has been processed count_components(...) from builtins.PyCapsule count_components(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> int   says how many scoring methods have already been registered create_empty_map(...) from builtins.PyCapsule create_empty_map(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap   creates an empty score map create_scores(...) from builtins.PyCapsule create_scores(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : str,  : protocols::frag_picker::FragmentPicker) -> NoneType   reads a config file and creates scoring methods create_scoring_method(...) from builtins.PyCapsule create_scoring_method(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : str,  : int,  : float,  : float,  : bool,  : protocols::frag_picker::FragmentPicker,  : str) -> NoneType   creates a new scoring method object do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, chunk : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType   calls do_caching() for each FragmentScoringMethod object, if it is possible      FragmentPicker calls this method when a new chunk is to be processed get_component(...) from builtins.PyCapsule get_component(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, index : int) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod   Returns a desired scoring method      Allowed index values are [1,count_components()] get_weights(...) from builtins.PyCapsule get_weights(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> rosetta.utility.vector1_double   returns a vector of weights that are used to compute the total score if_late_scoring_for_zeros(...) from builtins.PyCapsule if_late_scoring_for_zeros(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> bool   says if late scoring is used or not      late scoring means that some scores (those with weight=0, such as crmsd) are evaluated  only for the selected fragments rather than for all the candidates register_score_maker(...) from builtins.PyCapsule register_score_maker(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> NoneType   registers a maker object that will be used to create a scoring method object score_fragment(...) from builtins.PyCapsule score_fragment(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : protocols::frag_picker::FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   calculates all the small scores for a given fragment      results are properly stored inside a FragmentScoreMap object score_fragment_from_cache(...) from builtins.PyCapsule score_fragment_from_cache(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : protocols::frag_picker::FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   calculates all the small scores for a given fragment      results are properly stored inside a FragmentScoreMap object score_zero_scores(...) from builtins.PyCapsule score_zero_scores(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : protocols::frag_picker::FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   calculates all these small scores for a given fragment whose weight is 0.0      When use_late_scoring_for_zeros() was used to set the flag to true,  all fragment scoring methods neglects zero-weighted scores.  These will be evaluated by this function, that may be called after fragments are picked.  This way some time consuming computations (e.g. crmsd for fragments) may be computed  only for the selected fragments rather than for all of them set_precision(...) from builtins.PyCapsule set_precision(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, which_score : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, precision : int) -> NoneType   sets up a new precision used to print fragment score value set_width(...) from builtins.PyCapsule set_width(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, which_score : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, width : int) -> NoneType   sets up a new number of characters spend to print fragment score value total_score(...) from builtins.PyCapsule total_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> float   calculates the total score use_late_scoring_for_zeros(...) from builtins.PyCapsule use_late_scoring_for_zeros(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, if_true : bool) -> NoneType   those score metohods that have weight = 0.0 will be computed after the fragments are picked      if weight for a score is 0.0 than it does not affect the total score and thus has no   effect on fragments sorting, quota, etc. Such scores may be computed after fragment picking is finished Data descriptors defined here: default_precision_ default_width_   class FragmentScoreMap(builtins.object)     holds all small scores (score components) for a given fragment     each scoring method puts its own result into the map. The total score is a dot product of the vector from this map and a vector of weights     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap, n_componens : int) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap at(...) from builtins.PyCapsule at(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap, score_index : int) -> float clone(...) from builtins.PyCapsule clone(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap   creates a new deep copy of this map get_most_recent_total_score(...) from builtins.PyCapsule get_most_recent_total_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> float   returns the total score that has been evaluated recently      the method does not compute anything. You must check if the map has been  modified after the last total score calculation. If so, you must recompute the total again get_quota_score(...) from builtins.PyCapsule get_quota_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> float get_score_components(...) from builtins.PyCapsule get_score_components(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> rosetta.utility.vector1_double   returns the vector of score components set_quota_score(...) from builtins.PyCapsule set_quota_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap, quota_score : float) -> NoneType set_score_component(...) from builtins.PyCapsule set_score_component(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap, score_value : float, component_id : int) -> NoneType   sets a new score value for a given component size(...) from builtins.PyCapsule size(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> int was_modified(...) from builtins.PyCapsule was_modified(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   If the map has been modified, the total score it holds is not up-to-date and must be recalculated   class FragmentScoringMethod(builtins.object)     a fragment candidate score     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, name : str) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : protocols::frag_picker::FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class GunnCost(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost,  : float) -> NoneType   3. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost compute_gunn(...) from builtins.PyCapsule compute_gunn(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost, pose : rosetta.core.pose.Pose, begin : int, end : int, data : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnTuple) -> NoneType score_tuple(...) from builtins.PyCapsule score_tuple(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCost, g1 : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnTuple, g2 : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnTuple) -> float   class GunnCostScore(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its crmsd to the given reference structure     Method resolution order: GunnCostScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.pose.Pose,  : rosetta.utility.vector1_unsigned_long,  : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnCostScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class GunnTuple(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.GunnTuple) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. Data descriptors defined here: q1 q2 q3 q4 q5 q6   class HydrophobicityProfileSimilarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its hydrophobicity similarity     Method resolution order: HydrophobicityProfileSimilarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQuerySequence : str, query_profile : rosetta.core.sequence.SequenceProfile) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicityProfileSimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicityProfileSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicityProfileSimilarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicityProfileSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicityProfileSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class HydrophobicitySimilarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its hydrophobicity similarity     Method resolution order: HydrophobicitySimilarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQuerySequence : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicitySimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicitySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicitySimilarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicitySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.HydrophobicitySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class InterbondAngleScore(AtomBasedConstraintsScore)     Scores a fragment with a set of Dihedral constraints     Method resolution order: InterbondAngleScore AtomBasedConstraintsScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : int,  : rosetta.utility.vector1_std_string) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : int) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.InterbondAngleScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.InterbondAngleScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.InterbondAngleScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.InterbondAngleScore cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.InterbondAngleScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Calculates the score Methods inherited from AtomBasedConstraintsScore: clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> NoneType   Erases the internal array of coordinates do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType   In this case caching means copying coordinates of relevant atoms from a chunk's pose get_atom_coordinates(...) from builtins.PyCapsule get_atom_coordinates(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> rosetta.numeric.xyzVector_double_t   Returns coordinates for a given atom      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 get_constrainable_atoms_map(...) from builtins.PyCapsule get_constrainable_atoms_map(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> rosetta.std.map_std_string_unsigned_long   Returns a map that defines all constrained atoms used by this scoring method      Returned map defines the order of atoms as they are stored inside this object.  Indexes defined y this map can be used as arguments for has_atom() and get_atom_coordinates() methods. get_constrained_atom_id(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_name : str) -> int   returns an internal ID assigned to a given atom name      this ID remains the same for all residues get_constrained_atom_name(...) from builtins.PyCapsule get_constrained_atom_name(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, atom_id : int) -> str   returns a name of a constrained atom when its internal ID is known      this is the oposite to get_constrained_atom_id(std::string) get_query_size(...) from builtins.PyCapsule get_query_size(rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore) -> int   provides an access to the size of the length of a query sequence has_atom(...) from builtins.PyCapsule has_atom(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.AtomBasedConstraintsScore, residue_id : int, atom_id : int) -> bool   Returns true if a given atom has been successfully cached and one can use its coordinates      the residue order number. The first is 1,     the last one depends on the size of a pose i.e. the size of the current chunk      the residue order number, the first is 1 Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class JCoupling(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the JCouplings     Method resolution order: JCoupling CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.JCouplingIO) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.JCoupling,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class LAMBEGO_Similarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by torsion bin similarity     Method resolution order: LAMBEGO_Similarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_bin_probs : rosetta.utility.vector1_utility_vector1_double_std_allocator_double_t, sequence_length : int, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.LAMBEGO_Similarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class MakeABEGO_SS_Score(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new ABEGO_SS_Score object     Method resolution order: MakeABEGO_SS_Score MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeABEGO_SS_Score) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeABEGO_SS_Score,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeABEGO_SS_Score) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeABEGO_SS_Score make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeABEGO_SS_Score,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeAmbigCSScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new AmbigCSScore object     Method resolution order: MakeAmbigCSScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAmbigCSScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAmbigCSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAmbigCSScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAmbigCSScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAmbigCSScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeAtomPairConstraintsScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new AtomPairConstraintsScore object     Method resolution order: MakeAtomPairConstraintsScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAtomPairConstraintsScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAtomPairConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAtomPairConstraintsScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAtomPairConstraintsScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeAtomPairConstraintsScore,  : int,  : float,  : bool,  : protocols::frag_picker::FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeBFactor(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new BFactor object     Method resolution order: MakeBFactor MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeBFactor) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeBFactor,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeBFactor) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeBFactor make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeBFactor, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeCSScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new CSScore object     Method resolution order: MakeCSScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeCSScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeCSScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeCSScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeCSScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeCSScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeConstScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new ConstScore object     Method resolution order: MakeConstScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeConstScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeConstScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeConstScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeConstScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeConstScore, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeDihedralConstraintsScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new DihedralConstraintsScore object     Method resolution order: MakeDihedralConstraintsScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDihedralConstraintsScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDihedralConstraintsScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDihedralConstraintsScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDihedralConstraintsScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDihedralConstraintsScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeDisulfideDistance(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new DisulfideDistance object     Method resolution order: MakeDisulfideDistance MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideDistance) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideDistance) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideDistance make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideDistance,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeDisulfideIdentity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new DisulfideIdentity object     Method resolution order: MakeDisulfideIdentity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideIdentity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideIdentity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideIdentity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideIdentity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeDisulfideIdentity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeFragmentAllAtomCrmsd(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new FragmentAllAtomCrmsd object     Method resolution order: MakeFragmentAllAtomCrmsd MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentAllAtomCrmsd) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentAllAtomCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentAllAtomCrmsd) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentAllAtomCrmsd make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentAllAtomCrmsd,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeFragmentChunkCrms(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new FragmentChunkCrms object     Method resolution order: MakeFragmentChunkCrms MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentChunkCrms) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentChunkCrms,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentChunkCrms) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentChunkCrms make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentChunkCrms,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeFragmentCrmsd(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new FragmentCrmsd object     Method resolution order: MakeFragmentCrmsd MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsd) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsd) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsd make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsd,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeFragmentCrmsdResDepth(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new FragmentCrmsdResDepth object     Method resolution order: MakeFragmentCrmsdResDepth MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsdResDepth) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsdResDepth,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsdResDepth) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsdResDepth make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentCrmsdResDepth,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeFragmentDME(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new FragmentDME object     Method resolution order: MakeFragmentDME MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentDME) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentDME,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentDME) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentDME make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentDME,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeFragmentScoringMethod(builtins.object)     a fragment candidate     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod, name : str) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod,  : int,  : float,  : bool,  : protocols::frag_picker::FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod   class MakeGunnCostScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new GunnCostScore object     Method resolution order: MakeGunnCostScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeGunnCostScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeGunnCostScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeGunnCostScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeGunnCostScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeGunnCostScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeHydrophobicityProfileSimilarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new HydrophobicityProfileSimilarity object     Method resolution order: MakeHydrophobicityProfileSimilarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicityProfileSimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicityProfileSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicityProfileSimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicityProfileSimilarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicityProfileSimilarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeHydrophobicitySimilarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new HydrophobicitySimilarity object     Method resolution order: MakeHydrophobicitySimilarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicitySimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicitySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicitySimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicitySimilarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeHydrophobicitySimilarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeInterbondAngleScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new InterbondAngleScore object     Method resolution order: MakeInterbondAngleScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeInterbondAngleScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeInterbondAngleScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeInterbondAngleScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeInterbondAngleScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeInterbondAngleScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeJCoupling(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new JCoupling object     Method resolution order: MakeJCoupling MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeJCoupling) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeJCoupling,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeJCoupling) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeJCoupling make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeJCoupling,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeLAMBEGO_Similarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new TorsionBin object     Method resolution order: MakeLAMBEGO_Similarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeLAMBEGO_Similarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeLAMBEGO_Similarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeLAMBEGO_Similarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeLAMBEGO_Similarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeLAMBEGO_Similarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeMidPhiOut(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new MidPhiOut object     Method resolution order: MakeMidPhiOut MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPhiOut) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPhiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPhiOut) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPhiOut make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPhiOut,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeMidPsiOut(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new MidPsiOut object     Method resolution order: MakeMidPsiOut MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPsiOut) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPsiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPsiOut) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPsiOut make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeMidPsiOut,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakePCS_FragDistance(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new PCS_FragDistance object     Method resolution order: MakePCS_FragDistance MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePCS_FragDistance) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePCS_FragDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePCS_FragDistance) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePCS_FragDistance make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePCS_FragDistance,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakePartialSecondarySimilarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new PartialSecondarySimilarity object     Method resolution order: MakePartialSecondarySimilarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePartialSecondarySimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePartialSecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePartialSecondarySimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePartialSecondarySimilarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePartialSecondarySimilarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker, prediction_id : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakePhi(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new Phi object     Method resolution order: MakePhi MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhi) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhi,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhi) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhi make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhi, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakePhiPsiRmsd(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new PhiPsiRmsd object     Method resolution order: MakePhiPsiRmsd MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiRmsd) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiRmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiRmsd) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiRmsd make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiRmsd,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakePhiPsiSquareWell(MakeFragmentScoringMethod)     Matker class that produces a new PhiPsiSquareWell object     Method resolution order: MakePhiPsiSquareWell MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiSquareWell) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiSquareWell,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiSquareWell) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiSquareWell make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePhiPsiSquareWell,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProfileScore(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeProfileScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProfileScoreBlosum62(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeProfileScoreBlosum62 MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreBlosum62) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreBlosum62,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreBlosum62) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreBlosum62 make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreBlosum62,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProfileScoreDistWeight(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeProfileScoreDistWeight MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreDistWeight) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreDistWeight,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreDistWeight) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreDistWeight make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreDistWeight,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProfileScoreL1(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeProfileScoreL1 MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreL1) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreL1) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreL1 make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreL1,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProfileScoreStructL1(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeProfileScoreStructL1 MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreStructL1) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreStructL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreStructL1) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreStructL1 make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreStructL1,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProfileScoreSubMatrix(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeProfileScoreSubMatrix MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreSubMatrix) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreSubMatrix,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreSubMatrix) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreSubMatrix make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProfileScoreSubMatrix,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeProlinePhiScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new ProlinePhiScore object     Method resolution order: MakeProlinePhiScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProlinePhiScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProlinePhiScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProlinePhiScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProlinePhiScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeProlinePhiScore, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakePsi(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new Psi object     Method resolution order: MakePsi MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePsi) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePsi,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePsi) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePsi make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakePsi, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeRDCScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new RDCScore object     Method resolution order: MakeRDCScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRDCScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRDCScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRDCScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRDCScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRDCScore,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeRamaScore(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new RamaScore object     Method resolution order: MakeRamaScore MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRamaScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRamaScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRamaScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRamaScore make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeRamaScore, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker, prediction_id : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeScoreEValuator(MakeFragmentScoringMethod)       Method resolution order: MakeScoreEValuator MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator) -> NoneType   2. __init__(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeScoreEValuator,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeSecondaryIdentity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new SecondaryIdentity object     Method resolution order: MakeSecondaryIdentity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondaryIdentity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondaryIdentity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondaryIdentity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondaryIdentity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondaryIdentity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker, prediction_id : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeSecondarySimilarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new SecondarySimilarity object     Method resolution order: MakeSecondarySimilarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondarySimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondarySimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondarySimilarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSecondarySimilarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker, prediction_id : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeSequenceIdentity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new SequenceIdentity object     Method resolution order: MakeSequenceIdentity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSequenceIdentity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSequenceIdentity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSequenceIdentity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSequenceIdentity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSequenceIdentity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeSolventAccessibility(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new SolventAccessibility object     Method resolution order: MakeSolventAccessibility MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSolventAccessibility) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSolventAccessibility,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSolventAccessibility) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSolventAccessibility make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeSolventAccessibility, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeTalosSSSimilarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new TalosSSSimilarity object     Method resolution order: MakeTalosSSSimilarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTalosSSSimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTalosSSSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTalosSSSimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTalosSSSimilarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTalosSSSimilarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker, prediction_id : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MakeTorsionBinSimilarity(MakeFragmentScoringMethod)     Maker class that produces a new TorsionBin object     Method resolution order: MakeTorsionBinSimilarity MakeFragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTorsionBinSimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTorsionBinSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTorsionBinSimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTorsionBinSimilarity make(...) from builtins.PyCapsule make(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeTorsionBinSimilarity, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, picker : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentPicker,  : str) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod Methods inherited from MakeFragmentScoringMethod: get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> str   class MidPhiOut(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: MidPhiOut CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPhiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class MidPsiOut(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Psi and Psi angles.     Method resolution order: MidPsiOut CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MidPsiOut,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class PCS_FragDistance(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: PCS_FragDistance CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, target_ca_dev : ObjexxFCL::FArray2D<double>, target_ca_dist : ObjexxFCL::FArray2D<double>, largest_fragment : int, max_length : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PCS_FragDistance,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class PValuedFragmentScoreManager(FragmentScoreManager)     holds particular score components, weights and calculates the total score for a fragment candidate     a fragment picker object needs exactly one fragment manager to pick fragments. Adding new scoring methods is supposed to be done FragmentPicker, which calls proper method from this class.     Method resolution order: PValuedFragmentScoreManager FragmentScoreManager builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(handle) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.PValuedFragmentScoreManager) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PValuedFragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PValuedFragmentScoreManager) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.PValuedFragmentScoreManager score_fragment(...) from builtins.PyCapsule score_fragment(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PValuedFragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   calculates all the small scores for a given fragment      results are properly stored inside a FragmentScoreMap object score_fragment_from_cache(...) from builtins.PyCapsule score_fragment_from_cache(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PValuedFragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   calculates all the small scores for a given fragment      results are properly stored inside a FragmentScoreMap object Methods inherited from FragmentScoreManager: add_scoring_method(...) from builtins.PyCapsule add_scoring_method(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : float) -> NoneType   registers a new scoring method in this manager clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> NoneType   calls clean_up() for each FragmentScoringMethod object, if it is possible      FragmentPicker calls this method when a given chunk has been processed count_components(...) from builtins.PyCapsule count_components(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> int   says how many scoring methods have already been registered create_empty_map(...) from builtins.PyCapsule create_empty_map(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap   creates an empty score map create_scores(...) from builtins.PyCapsule create_scores(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : str,  : protocols::frag_picker::FragmentPicker) -> NoneType   reads a config file and creates scoring methods create_scoring_method(...) from builtins.PyCapsule create_scoring_method(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : str,  : int,  : float,  : float,  : bool,  : protocols::frag_picker::FragmentPicker,  : str) -> NoneType   creates a new scoring method object do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, chunk : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType   calls do_caching() for each FragmentScoringMethod object, if it is possible      FragmentPicker calls this method when a new chunk is to be processed get_component(...) from builtins.PyCapsule get_component(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, index : int) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod   Returns a desired scoring method      Allowed index values are [1,count_components()] get_weights(...) from builtins.PyCapsule get_weights(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> rosetta.utility.vector1_double   returns a vector of weights that are used to compute the total score if_late_scoring_for_zeros(...) from builtins.PyCapsule if_late_scoring_for_zeros(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager) -> bool   says if late scoring is used or not      late scoring means that some scores (those with weight=0, such as crmsd) are evaluated  only for the selected fragments rather than for all the candidates register_score_maker(...) from builtins.PyCapsule register_score_maker(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.MakeFragmentScoringMethod) -> NoneType   registers a maker object that will be used to create a scoring method object score_zero_scores(...) from builtins.PyCapsule score_zero_scores(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : protocols::frag_picker::FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   calculates all these small scores for a given fragment whose weight is 0.0      When use_late_scoring_for_zeros() was used to set the flag to true,  all fragment scoring methods neglects zero-weighted scores.  These will be evaluated by this function, that may be called after fragments are picked.  This way some time consuming computations (e.g. crmsd for fragments) may be computed  only for the selected fragments rather than for all of them set_precision(...) from builtins.PyCapsule set_precision(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, which_score : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, precision : int) -> NoneType   sets up a new precision used to print fragment score value set_width(...) from builtins.PyCapsule set_width(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, which_score : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, width : int) -> NoneType   sets up a new number of characters spend to print fragment score value total_score(...) from builtins.PyCapsule total_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> float   calculates the total score use_late_scoring_for_zeros(...) from builtins.PyCapsule use_late_scoring_for_zeros(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreManager, if_true : bool) -> NoneType   those score metohods that have weight = 0.0 will be computed after the fragments are picked      if weight for a score is 0.0 than it does not affect the total score and thus has no   effect on fragments sorting, quota, etc. Such scores may be computed after fragment picking is finished Data descriptors inherited from FragmentScoreManager: default_precision_ default_width_   class PartialSecondarySimilarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by secondary structure similarity     The score for each position is P(H), P(L) or P(E) if a vall residue is within Helix, Loop or Extended secondary stucture element, respectively. P(H), P(L) and P(E) denotes the probability that a given residue in a query is within Helix, Loop or Extended secondary stucture element. The total score of a fragment is a simple sum of all positions; for N-mer fragment is a sum of N terms If P(H), P(L) and P(E) probabilities takes only 1.0 and 0.0 values, result of this scoring function should be the same as SecondaryIdentity, although the later one is faster.     Method resolution order: PartialSecondarySimilarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_prediction : rosetta.core.fragment.SecondaryStructure, prediction_name : str, sequence_length : int, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType get_prediction_name(...) from builtins.PyCapsule get_prediction_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity) -> str score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PartialSecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class Phi(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its predicted phi similarity     Method resolution order: Phi CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQuerySequence : str, query_phi_prediction : rosetta.utility.vector1_double, query_phi_prediction_conf : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.Phi) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.Phi,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.Phi) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.Phi,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.Phi,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class PhiPsiRmsd(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: PhiPsiRmsd CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, reference_pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.PhiPsiTalosIO) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiRmsd,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class PhiPsiSquareWell(CachingScoringMethod)     scores a fragment by the root mean square deviation of Phi and Psi angles.     Method resolution order: PhiPsiSquareWell CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.protocols.frag_picker.PhiPsiTalosIO) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.PhiPsiSquareWell,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProfileScore(CachingScoringMethod)     a fragment candidate     Method resolution order: ProfileScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_profile : rosetta.core.sequence.SequenceProfile, profile_scoring : rosetta.core.sequence.ScoringScheme, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProfileScoreBlosum62(CachingScoringMethod)     a fragment candidate     Method resolution order: ProfileScoreBlosum62 CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_profile : rosetta.core.sequence.SequenceProfile, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62 cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreBlosum62,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProfileScoreDistWeight(CachingScoringMethod)     a fragment candidate     Method resolution order: ProfileScoreDistWeight CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_profile : rosetta.core.sequence.SequenceProfile, query_ss_prediction : rosetta.core.fragment.SecondaryStructure, query_sequence : str, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreDistWeight,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProfileScoreL1(CachingScoringMethod)     a fragment candidate     Method resolution order: ProfileScoreL1 CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.sequence.SequenceProfile,  : rosetta.utility.vector1_unsigned_long,  : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1 cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType do_caching_simple(...) from builtins.PyCapsule do_caching_simple(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProfileScoreStructL1(CachingScoringMethod)     a fragment candidate     Method resolution order: ProfileScoreStructL1 CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : rosetta.core.sequence.SequenceProfile,  : rosetta.utility.vector1_unsigned_long,  : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1 cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType do_caching_simple(...) from builtins.PyCapsule do_caching_simple(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreStructL1,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProfileScoreSubMatrix(CachingScoringMethod)     a fragment candidate     Method resolution order: ProfileScoreSubMatrix CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, sequence : str, longest_vall_chunk : int, subMatrixFile : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScoreSubMatrix,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ProlinePhiScore(FragmentScoringMethod)     ProlinePhiScore score counts identical residues     Resulting score is the number of identical residues on corresponding positions in a vall fragment and a query sequence     Method resolution order: ProlinePhiScore FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQueryDisulfide : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProlinePhiScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProlinePhiScore, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class Psi(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its predicted psi similarity     Method resolution order: Psi CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQuerySequence : str, query_psi_prediction : rosetta.utility.vector1_double, query_psi_prediction_conf : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.Psi) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.Psi,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.Psi) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.Psi,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.Psi,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class RDCScore(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its crmsd to the given reference structure     Method resolution order: RDCScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RDCScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class RamaScore(CachingScoringMethod)     RamaScore score counts identical residues     Resulting score is the number of identical residues on corresponding positions in a vall fragment and a query sequence     Method resolution order: RamaScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: SetupRamaTables(...) from builtins.PyCapsule SetupRamaTables(rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore) -> NoneType __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : str) -> NoneType   2. __init__(self : handle,  : int,  : float,  : bool,  : str,  : rosetta.core.fragment.SecondaryStructure,  : str) -> NoneType   3. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType get_prediction_name(...) from builtins.PyCapsule get_prediction_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore) -> str score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.RamaScore, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class ScoreEValuator(ProfileScore)     Computes E-Value for a Profile object     Method resolution order: ScoreEValuator ProfileScore CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_profile : rosetta.core.sequence.SequenceProfile, profile_scoring : rosetta.core.sequence.ScoringScheme, largest_chunk_size : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ScoreEValuator,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from ProfileScore: cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.ProfileScore,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class SecondaryIdentity(FragmentScoringMethod)     SequenceIdentity score counts how many residues share the same secondary structure     Resulting score is the number of residues on corresponding positions in a vall fragment and a query sequence that are annotated with the same secondary structure     Method resolution order: SecondaryIdentity FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_secondary_structure : str, prediction_name : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondaryIdentity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. get_prediction_name(...) from builtins.PyCapsule get_prediction_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondaryIdentity) -> str score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondaryIdentity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score Methods inherited from FragmentScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class SecondarySimilarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by secondary structure similarity     The score for each position is P(H), P(L) or P(E) if a vall residue is within Helix, Loop or Extended secondary stucture element, respectively. P(H), P(L) and P(E) denotes the probability that a given residue in a query is within Helix, Loop or Extended secondary stucture element. The total score of a fragment is a simple sum of all positions; for N-mer fragment is a sum of N terms If P(H), P(L) and P(E) probabilities takes only 1.0 and 0.0 values, result of this scoring function should be the same as SecondaryIdentity, although the later one is faster.     Method resolution order: SecondarySimilarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_prediction : rosetta.core.fragment.SecondaryStructure, prediction_name : str, sequence_length : int, frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType do_caching_simple(...) from builtins.PyCapsule do_caching_simple(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType get_prediction_name(...) from builtins.PyCapsule get_prediction_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity) -> str get_secondary_prediction(...) from builtins.PyCapsule get_secondary_prediction(rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity) -> rosetta.core.fragment.SecondaryStructure   returns the secondary structure porediction object that is used by this score score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SecondarySimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class SequenceIdentity(FragmentScoringMethod)     SequenceIdentity score counts identical residues     Resulting score is the number of identical residues on corresponding positions in a vall fragment and a query sequence     Method resolution order: SequenceIdentity FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQuerySequence : str) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.SequenceIdentity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SequenceIdentity, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class SolventAccessibility(CachingScoringMethod)     scores a fragment by its predicted solvent accessibility     Method resolution order: SolventAccessibility CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, fastaQuerySequence : str, predicted_sa : rosetta.utility.vector1_double) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.SolventAccessibility) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SolventAccessibility,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.SolventAccessibility) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SolventAccessibility,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.SolventAccessibility,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from CachingScoringMethod: assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class TalosSSSimilarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by secondary structure similarity     The score for each position is P(H), P(L) or P(E) if a vall residue is within Helix, Loop or Extended secondary stucture element, respectively. P(H), P(L) and P(E) denotes the probability that a given residue in a query is within Helix, Loop or Extended secondary stucture element. The total score of a fragment is a simple sum of all positions; for N-mer fragment is a sum of N terms If P(H), P(L) and P(E) probabilities takes only 1.0 and 0.0 values, result of this scoring function should be the same as SecondaryIdentity, although the later one is faster.     Method resolution order: TalosSSSimilarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_prediction : rosetta.core.fragment.SecondaryStructure, prediction_name : str, sequence_length : int, frag_sizes : rosetta.utility.vector1_unsigned_long, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity, f : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate, empty_map : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType do_caching_simple(...) from builtins.PyCapsule do_caching_simple(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType get_prediction_name(...) from builtins.PyCapsule get_prediction_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity) -> str get_secondary_prediction(...) from builtins.PyCapsule get_secondary_prediction(rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity) -> rosetta.core.fragment.SecondaryStructure   returns the secondary structure porediction object that is used by this score score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TalosSSSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded   class TorsionBinSimilarity(CachingScoringMethod)     scores a fragment by torsion bin similarity     Method resolution order: TorsionBinSimilarity CachingScoringMethod FragmentScoringMethod builtins.object Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : handle, priority : int, lowest_acceptable_value : float, use_lowest : bool, query_bin_probs : rosetta.utility.vector1_utility_vector1_double_std_allocator_double_t, sequence_length : int, longest_vall_chunk : int) -> NoneType   2. __init__(handle, rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity) -> rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity cached_score(...) from builtins.PyCapsule cached_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool   Computes the score clean_up(...) from builtins.PyCapsule clean_up(rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity) -> NoneType do_caching(...) from builtins.PyCapsule do_caching(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.TorsionBinSimilarity,  : rosetta.protocols.frag_picker.VallChunk) -> NoneType Methods inherited from CachingScoringMethod: score(...) from builtins.PyCapsule score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.CachingScoringMethod,  : rosetta.protocols.frag_picker.FragmentCandidate,  : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoreMap) -> bool Methods inherited from FragmentScoringMethod: get_id(...) from builtins.PyCapsule get_id(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns an integer index assigned to this scoring method by a scoring manager get_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule get_min_allowed_score(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> float   Returns the lowest acceptable score value for this scoring method.      Fragments that are below the threshold will be discarded get_priority(...) from builtins.PyCapsule get_priority(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> int   Returns a priority of this scoring method.      The higher the priority, the earlier a given scoring method is evaluated get_score_name(...) from builtins.PyCapsule get_score_name(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> str   Returns a name of this scoring method get_use_lowest(...) from builtins.PyCapsule get_use_lowest(rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod) -> bool   Returns the boolean choice on using the above lowest acceptable score value.      False means there is no lowest acceptable score set_id(...) from builtins.PyCapsule set_id(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, id : int) -> NoneType   Sets a new integer index for this scoring method.      the method should be called only by a scoring manager set_min_allowed_score(...) from builtins.PyCapsule set_min_allowed_score(self : rosetta.protocols.frag_picker.scores.FragmentScoringMethod, lowest_acceptable_value : float) -> NoneType   Sets a new value of the lowest acceptable score      Fragments that are below the threshold will be discarded