Bindings for numeric::model_quality namespace

Classes
		builtins.object RmsData   class RmsData(builtins.object)     RmsData is a class intended to replace the global rms_obj namespace from rosetta++. Initial implementation is with a singleton design pattern to mimic a global namespace from rosetta++.     Methods defined here: __init__(self, /, *args, **kwargs) Initialize self.  See help(type(self)) for accurate signature. __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. add_rms(...) from builtins.PyCapsule add_rms(self : rosetta.numeric.model_quality.RmsData, i : int, xp : ObjexxFCL::FArray2A<double>, xe : ObjexxFCL::FArray2A<double>) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////       computes a 3x3 matrix of cross moments between the x,y,z components of   the two input vectors.       the output is the running sum of these matricies      - [in/out]? -      - [in/out]? -      - [in/out]? -    _read    _write                       ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// clear_rms(...) from builtins.PyCapsule clear_rms(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> NoneType   clear the data in this RmsData count(...) from builtins.PyCapsule count(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> int   returns the number of points in this RmsData instance(...) from builtins.PyCapsule instance() -> rosetta.numeric.model_quality.RmsData xm(...) from builtins.PyCapsule xm(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> ObjexxFCL::FArray2D<double> xre(...) from builtins.PyCapsule xre(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> float xrp(...) from builtins.PyCapsule xrp(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> float xse(...) from builtins.PyCapsule xse(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> ObjexxFCL::FArray1D<double> xsp(...) from builtins.PyCapsule xsp(rosetta.numeric.model_quality.RmsData) -> ObjexxFCL::FArray1D<double>

Functions
		BlankMatrixMult(...) method of builtins.PyCapsule instance BlankMatrixMult(A : ObjexxFCL::FArray2A<double>, n : int, np : int, transposeA : int, B : ObjexxFCL::FArray2A<double>, m : int, transposeB : int, AxB_out : ObjexxFCL::FArray2A<double>) -> NoneType MatrixMult(...) method of builtins.PyCapsule instance MatrixMult(A : ObjexxFCL::FArray2A<double>, n : int, np : int, transposeA : int, B : ObjexxFCL::FArray2A<double>, m : int, transposeB : int, AxB_out : ObjexxFCL::FArray2A<double>) -> NoneType calc_rms(...) method of builtins.PyCapsule instance calc_rms(p1_coords : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, p2_coords : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t) -> float det3(...) method of builtins.PyCapsule instance det3(m : ObjexxFCL::FArray2A<double>) -> float   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////      determinant of a 3x3 matrix        cute factoid: det of a 3x3 is the dot product of one row with the cross  product of the other two. This explains why a right hand coordinate system  has a positive determinant. cute huh?      - [in/out]? -            _read    _write                  charlie strauss 2001   ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// erfcc(...) method of builtins.PyCapsule instance erfcc(x : float) -> float findUU(...) method of builtins.PyCapsule instance findUU(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. findUU(XX : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, YY : rosetta.utility.vector1_numeric_xyzVector_double_t, WW : rosetta.utility.vector1_double, Npoints : int, UU : rosetta.numeric.xyzMatrix_double_t, sigma3 : float) -> NoneType   2. findUU(XX : rosetta.ObjexxFCL.FArray2_double_t, YY : rosetta.ObjexxFCL.FArray2_double_t, WW : ObjexxFCL::FArray1<double>, Npoints : int, UU : rosetta.ObjexxFCL.FArray2_double_t, sigma3 : float) -> NoneType fixEigenvector(...) method of builtins.PyCapsule instance fixEigenvector(m_v : ObjexxFCL::FArray2A<double>) -> NoneType rms_wrapper(...) method of builtins.PyCapsule instance rms_wrapper(natoms : int, p1a : ObjexxFCL::FArray2D<double>, p2a : ObjexxFCL::FArray2D<double>) -> float rms_wrapper_slow_and_correct(...) method of builtins.PyCapsule instance rms_wrapper_slow_and_correct(natoms : int, p1a : ObjexxFCL::FArray2D<double>, p2a : ObjexxFCL::FArray2D<double>) -> float rmsfitca3(...) method of builtins.PyCapsule instance rmsfitca3(npoints : int, xx0 : ObjexxFCL::FArray2A<double>, xx : ObjexxFCL::FArray2A<double>, yy0 : ObjexxFCL::FArray2A<double>, yy : ObjexxFCL::FArray2A<double>, esq : float) -> NoneType   ///////////////////////////////////////////////////////////////                  This function gets its alignment info via a namespace!    Alignment (rotation matrix) and rms(esq) are computed on the basis    of residues previously designated by calls to add_rms().    However, the rotation is applied to all Npoints of XX0,yy0 with the    results returned in xx,yy.      most of this is double for good reasons.    first there are some large differences of small numbers.    second the rsymm_eignen() function can internally have numbers    larger than the largest double number.  (you could do some fancy foot work    to rescale m_moment if you really had a problem with this.)      - [in/out]? -      - [in/out]? -      - [in/out]? -      - [in/out]? -      - [in/out]? -      - [in/out]? -    _read    _write          NOTE: det is a double precision real    NOTE: (xx,yy) can be same arrays as (xx_0,yy_0) if desired               /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////