Bindings for core::pose::copydofs namespace

Classes
		builtins.object CopyDofs CopyDofsInfo   class CopyDofs(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofs, template_pose : rosetta.core.pose.MiniPose, atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, atom_id_domain_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_unsigned_long) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofs, template_pose : rosetta.core.pose.MiniPose, atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply(...) from builtins.PyCapsule apply(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofs, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType copy_dofs_info(...) from builtins.PyCapsule copy_dofs_info(rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofs) -> rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo figure_out_dofs(...) from builtins.PyCapsule figure_out_dofs(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofs, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   class CopyDofsInfo(builtins.object)       Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo,  : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. apply_dofs(...) from builtins.PyCapsule apply_dofs(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. apply_dofs(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   2. apply_dofs(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo, pose : rosetta.core.pose.Pose, dof_tolerance : float) -> NoneType assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo,  : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo clear(...) from builtins.PyCapsule clear(rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> NoneType dofs_info(...) from builtins.PyCapsule dofs_info(rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> rosetta.utility.vector1_std_pair_core_id_DOF_ID_double_t jumps_info(...) from builtins.PyCapsule jumps_info(rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> rosetta.utility.vector1_std_pair_core_id_AtomID_core_kinematics_Jump_t push_back(...) from builtins.PyCapsule push_back(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. push_back(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo, dofs_info_pair : (rosetta.core.id.DOF_ID, float)) -> NoneType   2. push_back(self : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo, jumps_info_pair : (rosetta.core.id.AtomID, rosetta.core.kinematics.Jump)) -> NoneType

Functions
		apply_dofs(...) method of builtins.PyCapsule instance apply_dofs(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. apply_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, copy_dofs_info : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////   2. apply_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, copy_dofs_info : rosetta.core.pose.copydofs.CopyDofsInfo, dof_tolerance : float) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////// blank_atom_id_domain_map(...) method of builtins.PyCapsule instance blank_atom_id_domain_map(pose : rosetta.core.pose.Pose) -> rosetta.std.map_core_id_AtomID_unsigned_long copy_dofs(...) method of builtins.PyCapsule instance copy_dofs(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. copy_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.MiniPose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////      A very useful function that copies degrees of freedom from one pose to another. res_map defines how to map residue numbers from the large pose to the smaller "scratch" pose.      rhiju, 2009.   2. copy_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   3. copy_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   4. copy_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose, atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   5. copy_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.MiniPose, atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   6. copy_dofs(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.MiniPose, atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, atom_id_domain_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_unsigned_long) -> NoneType   ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// copy_dofs_match_atom_names(...) method of builtins.PyCapsule instance copy_dofs_match_atom_names(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. copy_dofs_match_atom_names(pose : rosetta.core.pose.Pose, chunk_pose : rosetta.core.pose.MiniPose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long) -> NoneType   2. copy_dofs_match_atom_names(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   3. copy_dofs_match_atom_names(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   4. copy_dofs_match_atom_names(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, backbone_only : bool) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   5. copy_dofs_match_atom_names(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, backbone_only : bool, side_chain_only : bool) -> NoneType   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////   6. copy_dofs_match_atom_names(pose : rosetta.core.pose.Pose, scratch_pose : rosetta.core.pose.Pose, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, backbone_only : bool, side_chain_only : bool, ignore_virtual : bool) -> NoneType   ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// setup_atom_id_map(...) method of builtins.PyCapsule instance setup_atom_id_map(atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   //////////////////////////////////////////////////////////////// setup_atom_id_map_match_atom_names(...) method of builtins.PyCapsule instance setup_atom_id_map_match_atom_names(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. setup_atom_id_map_match_atom_names(atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, pose : rosetta.core.pose.Pose, chunk_pose : rosetta.core.pose.MiniPose) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////   2. setup_atom_id_map_match_atom_names(atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, pose : rosetta.core.pose.Pose, reference_pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////   3. setup_atom_id_map_match_atom_names(atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, pose : rosetta.core.pose.Pose, reference_pose : rosetta.core.pose.Pose, backbone_only : bool) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////   4. setup_atom_id_map_match_atom_names(atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, pose : rosetta.core.pose.Pose, reference_pose : rosetta.core.pose.Pose, backbone_only : bool, side_chain_only : bool) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////   5. setup_atom_id_map_match_atom_names(atom_id_map : rosetta.std.map_core_id_AtomID_core_id_AtomID, res_map : rosetta.std.map_unsigned_long_unsigned_long, pose : rosetta.core.pose.Pose, reference_pose : rosetta.core.pose.Pose, backbone_only : bool, side_chain_only : bool, ignore_virtual : bool) -> NoneType   ////////////////////////////////////////////////////////////////