rosetta.core.io.pose_to_sfr
index
(built-in)

Bindings for core::io::pose_to_sfr namespace

 
Classes
       
builtins.object
PoseToStructFileRepConverter

 
class PoseToStructFileRepConverter(builtins.object)
    A class to convert a pose to a StructFileRep.
 
 
The StructFileRep is a data structure that serves as an intermediate between
Protein Databank file formats (PDB and mmCIF) and Rosetta objects (poses).  This was implemented
at the 2016 Chemical XRW (eXtreme Rosetta Workshop), at which this class was popularly referred
to as the "pose unbuilder".
 
  Methods defined here:
__init__(...) from builtins.PyCapsule
__init__(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. __init__(rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter) -> NoneType
 
2. __init__(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, options_in : rosetta.core.io.StructFileRepOptions) -> NoneType
 
3. __init__(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter,  : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter) -> NoneType
__new__(*args, **kwargs) from builtins.type
Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature.
append_residue_to_sfr(...) from builtins.PyCapsule
append_residue_to_sfr(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. append_residue_to_sfr(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, resnum : int) -> NoneType
 
Append pdb information to StructFileRep for a single residue.
 
2. append_residue_to_sfr(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, resnum : int, new_atom_num : int, new_tercount : int) -> NoneType
 
Start atom numbering from given n.  Increments N
assign(...) from builtins.PyCapsule
assign(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter,  : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter) -> rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter
get_connectivity_annotation_info(...) from builtins.PyCapsule
get_connectivity_annotation_info(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Get connectivity annotation information from the Pose object and create LinkInformation and
 SSBondInformation data as appropriate.
get_link_record(...) from builtins.PyCapsule
get_link_record(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, ii : int, conn : int) -> rosetta.core.io.LinkInformation
get_parametric_info(...) from builtins.PyCapsule
get_parametric_info(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, remarks : rosetta.core.io.Remarks, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Get parametric information from the Pose object and add it to the PDB remarks.
get_ssbond_record(...) from builtins.PyCapsule
get_ssbond_record(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, ii : int, conn : int) -> rosetta.core.io.SSBondInformation
grab_additional_pose_data(...) from builtins.PyCapsule
grab_additional_pose_data(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Get additional pose data.
 
 
 This is rewritten from the old core/io/pdb/file_data.cc:write_additional_pdb_data() function.
 This was a catch-all for dumping out all sorts of protocol-specific stuff (e.g. membrane info).
 
 
 Vikram K. Mulligan (vmullig.edu)
init_from_pose(...) from builtins.PyCapsule
init_from_pose(*args, **kwargs)
Overloaded function.
 
1. init_from_pose(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType
 
Fill StructFileRep object using information from given Pose object.
 
2. init_from_pose(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, options : rosetta.core.io.StructFileRepOptions) -> NoneType
 
Fill StructFileRep object  using information from given Pose object and a set of options.
 
3. init_from_pose(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, residue_indices : rosetta.utility.vector1_unsigned_long) -> NoneType
 
Fill StructFileRep object using information from given Pose object,
  for a specified subset of residues
 
4. init_from_pose(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, mask : rosetta.core.id.AtomID_Map_bool_t) -> NoneType
 
Fill StructFileRep object using information from given Pose object,
  for a specified subset of residues and atoms
 
5. init_from_pose(self : rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter, pose : rosetta.core.pose.Pose, mask : rosetta.core.id.AtomID_Map_bool_t, options : rosetta.core.io.StructFileRepOptions) -> NoneType
 
Fill StructFileRep object using information from given Pose object,
  for a specified subset of residues and atoms
new_sfr(...) from builtins.PyCapsule
new_sfr(rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter) -> rosetta.core.io.StructFileRep
 
Resets the PoseToStructFileRepConverter object, and reinitializes
 it with a fresh StruftFileRep object, returning an owning pointer to the
 new object.
sfr(...) from builtins.PyCapsule
sfr(rosetta.core.io.pose_to_sfr.PoseToStructFileRepConverter) -> rosetta.core.io.StructFileRep
 
Non-const access to the StructFileRep object.