Bindings for core::io::pose_from_sfr namespace

Classes
		builtins.object PoseFromSFRBuilder   class PoseFromSFRBuilder(builtins.object)     The %PoseFromSFRBuilder is responsible for taking a partially-processed representation of a structure file, a structure-file repersentation or StructFileRep, and it constructs a Pose from it. Its primary output is a Pose, but it also keeps track of the "missing atoms:" the set of atoms in the Pose whose coordinates were not given in the original file.     The construction involves renaming some atoms, for example, the O2* atom in RNA would be renamed O2', and resolving the chain- and branch-connectivity.  It uses the ResidueTypeFinder to select the best-fit ResidueType for each residue.   This code handles n-terminal acetylation, and some other similar chemical modifications, by merging the atoms in the "ACE" residue with the next residue.  Instructions of what residue types to merge and how to rename the atoms to avoid naming collisions are read in from the database by the MergeBehaviorManager.  After the atoms are merged and renamed, the appropriate AcetylatedNtermProteinFull is applied to that next residue.   The process of building a pose is handled in four passes.     Methods defined here: __init__(...) from builtins.PyCapsule __init__(*args, **kwargs) Overloaded function.   1. __init__(self : rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder, rts : rosetta.core.chemical.ResidueTypeSet, options : rosetta.core.io.StructFileRepOptions) -> NoneType   2. __init__(self : rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder,  : rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder) -> NoneType __new__(*args, **kwargs) from builtins.type Create and return a new object.  See help(type) for accurate signature. assign(...) from builtins.PyCapsule assign(self : rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder,  : rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder) -> rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder build_pose(...) from builtins.PyCapsule build_pose(self : rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder, sfr : rosetta.core.io.StructFileRep, pose : rosetta.core.pose.Pose) -> NoneType   Build a Pose from an SFR using the ResidueTypeSet and the StructFileReaderOptions  object that were passed in to the %Builder in it's constructor. missing_atoms(...) from builtins.PyCapsule missing_atoms(rosetta.core.io.pose_from_sfr.PoseFromSFRBuilder) -> rosetta.core.id.AtomID_Map_bool_t   not present in the SFR

Functions
		bonding_distance_threshold(...) method of builtins.PyCapsule instance bonding_distance_threshold(element1 : str, element2 : str) -> float   Get theshold distance below which two atoms are considered bonded. (1.2*covalent) check_and_correct_sister_atom_based_on_chirality(...) method of builtins.PyCapsule instance check_and_correct_sister_atom_based_on_chirality(rsd : rosetta.core.conformation.Residue, sister1_name : str, sister2_name : str, parent_name : str, outer_ref_name : str) -> NoneType check_and_correct_sister_atom_based_on_outgroup(...) method of builtins.PyCapsule instance check_and_correct_sister_atom_based_on_outgroup(rsd : rosetta.core.conformation.Residue, sister1_name : str, sister2_name : str, outgroup_name : str) -> NoneType check_and_correct_sister_atoms(...) method of builtins.PyCapsule instance check_and_correct_sister_atoms(rsd : rosetta.core.conformation.Residue) -> NoneType   ///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////      due to differences in different crystallography/NMR/modeling packages, labeling of sister atoms   (like OP1 <--> OP2, or H41 <--> H42) in PDBs is totally wacky. This is an attempt to regularize...   and it can actually make a difference since sometimes partial charges on sister hydrogens   can be different. Right now only set up for nucleic acids, but could probably generalize. convert_atom_name(...) method of builtins.PyCapsule instance convert_atom_name(res_name : str, atom_name : str) -> str convert_res_name(...) method of builtins.PyCapsule instance convert_res_name(name : str) -> str create_working_data(...) method of builtins.PyCapsule instance create_working_data(options : rosetta.core.io.StructFileRepOptions, sfr : rosetta.core.io.StructFileRep, rinfos : rosetta.utility.vector1_core_io_ResidueInformation) -> NoneType flip_atom_xyz(...) method of builtins.PyCapsule instance flip_atom_xyz(rsd : rosetta.core.conformation.Residue, sister1_name : str, sister2_name : str) -> NoneType get_chirality_sign(...) method of builtins.PyCapsule instance get_chirality_sign(xyz_sister1 : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, xyz_sister2 : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, xyz_parent : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, xyz_outer_ref : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> int get_closest_sister(...) method of builtins.PyCapsule instance get_closest_sister(xyz_sister1 : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, xyz_sister2 : rosetta.numeric.xyzVector_double_t, xyz_outgroup : rosetta.numeric.xyzVector_double_t) -> int randomize_missing_coords(...) method of builtins.PyCapsule instance randomize_missing_coords(ai : rosetta.core.io.AtomInformation) -> NoneType   randomize missing density sgn(...) method of builtins.PyCapsule instance sgn(x : float) -> int update_atom_information_based_on_occupancy(...) method of builtins.PyCapsule instance update_atom_information_based_on_occupancy(options : rosetta.core.io.StructFileRepOptions, ai : rosetta.core.io.AtomInformation) -> bool